Objetivo: descrever a evolução do Sistema de Vigilância Alimentar e Nutricional (Sisvan) e do estado nutricional de crianças indígenas menores de cinco anos de idade no estado de Mato Grosso do Sul, no período de 2002 a 2011. Métodos: estudo ecológico, realizado a partir de dados provenientes dos relatórios de gestão do Distrito Sanitário Especial Indígena de Mato Grosso do Sul (DSEI/MS), referentes a todas as crianças indígenas menores dessa idade que tiveram seu estado nutricional avaliado pelo indicador 'peso por idade'. Resultados: observou-se aumento da cobertura do Sisvan Indígena de 82,0% em 2002 para 97,2% em 2011, acompanhado da redução na prevalência de baixo peso de 16,0% para 6,5% no período. Conclusão: houve aumento da cobertura do Sisvan indígena e significativa redução da desnutrição infantil no período estudado; entretanto, não se pode negligenciar os grandes desafios, todavia existentes, para promoção da saúde e nutrição infantil nessa população.
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