The genome sequence of Southern tomato virus in asymptomatic Solanum lycopersicum ‘Sweet Hearts’ (STV-Florida) in Florida was assembled from small RNAs sequenced by Illumina RNA-seq. The STV-Florida genome shared 99.0 to 99.9% similarity with full genome sequences from Bangladesh, China, Mexico, and the United States (Mississippi and North Carolina).

No abstract

Plum pox virus (PPV), the causal agent of Sharka disease, causes yield, quality, and economic losses in stone fruits. PPV has been reported worldwide, especially in Europe. In studies to date, the presence of the virus has been identified as being restricted in different regions of Turkey. However, there is no record of PPV in Bolu province so far. Hence, surveys were carried out in Bolu province between 2016-2019, and a total of 306 samples were collected. To determine the presence of PPV, the samples were first tested by DAS-ELISA, and only three peach samples were found to be infected. DAS-ELISA results of infected samples were confirmed by RT-PCR using universal primers (P1/P2), then infected samples were identified at the strain level using strain-specific primers. The samples were found to be infected with the PPV-M (Marcus) strain and 243-bp long nucleotide sequences containing the partial coat protein gene of three isolates were deposited to NCBI. Phylogenetic analysis (Neighbor-Joining) generated by 38 representative PPV sequences indicated that Bolu isolates were clustered with PPV-M isolates and separated from other strains, as in BLAST analysis. To our knowledge, this is the first report of PPV in Bolu. This study reveals the necessity to carry out more extensive surveys to prevent the PPV dissemination in Bolu and to identify the complete genomes of the obtained isolates to determine their genetic variation.All the PPV-infected trees were destroyed as a consequence.

No abstract

No abstract

Türkiye bağcılığı sosyoekonomik anlamda en önemli ürün gruplarının arasında yer almaktadır. Bağlarda birçok zararlı organizma grubu özellikle de virüs enfeksiyonları bitkiyi zayıflatıp, verim ve kalitesinde azalmalara yol açtığından karantina ve sertifikasyonda başı çekmektedir. Son yarım asırda ülke bağ virüs araştırmalarında önemli çalışmalar yapılmış ve özellikle son 20 yılda virüslerin tanımı, karakterizasyonu ve mücadele yöntemleri alanında önemli ilerlemeler kat edilmiştir. Türkiye bağ yetiştiriciliği yapılan alanlarında şu ana kadar viral hastalıklara neden olan yaklaşık 23 virüs ve 5 viroidin varlığı belirlenmiştir. Arabis Mosaic Virüs (ArMV), Grapevine Fanleaf Virüs (GFLV), Grapevine Fleck Virüs (GFkV), Grapevine Leafroll-Associated Viruses (GLRaV-1, GLRaV-3) ve Grapevine Virüs A (GVA) en yaygın bağ virüsleri arasında yer almaktadır. Grapevine Virüs B (GVB), Grapevine Pinot Gris Virüs (GPGV), Grapevine Roditis Leaf Discoloration-Associated Virüs (GRLDaV), Grapevine Rupestris Stem Pitting-Associated Virüs (GRSPaV) ve Grapevine Syrah Virüs 1 (GSyV-1) gibi önemli viral etmenler de ülkede rapor edilmiştir. Türkiye’de bağ virüslerinin teşhisinde otsu-odunsu konukçulara indeksleme ve serolojik testler gibi geleneksel analiz yöntemlerinin yanında, moleküler analiz yöntemleri ve son dönemde yeni nesil dizileme teknolojisi (Next Generation Sequencing-NGS) gibi DNA dizileme tekniklerinin kullanımı ile teşhis ve karakterizasyon çalışmaları oldukça hızlanmıştır. Bu derlemede Türkiye’de bağ virüslerinin tarihsel gelişimi, oluşturduğu hastalıklar ve ekonomik önemi hakkında kısa bilgilere yer verilmiştir.

virüslerin etkinliğinin lokasyona göre değişkenlik göstereceği öngörülmektedir. Dolayısıyla iklim değişikliğinin lokasyona ve vektöre bağlı olarak bazı tahıl virüslerinin etkinliğini arttırırken bazılarının etkinliğini azaltacağı yönündedir.

Plum pox virus (PPV) Türkiye’de ilk olarak 1968 yılında Edirne ilinde tespitinden sonra ülkenin farklı bölgelerinde birçok meyve bahçesinde saptanmıştır. Ülkesel keşif ve takip sürveyleri kapsamında PPV’nin varlığının araştırılması için Zonguldak ilinde 2019-2021 yılları arasında toplam 2539 örnek toplanmıştır. Toplanan örnekler içinde aynı ev bahçesine ait 6 adet erik ağacının yapılan DAS-ELISA ve RT-PCR sonucunda PPV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Enfekteli olduğu belirlenen 6 adet izolatın P3, 6K1, CI ve CP gen bölgelerini içeren toplam 1533 nükleotitlik diziler GenBank’a kaydedilmiştir. Zonguldak PPV-izolatlarına ait diziler ile yapılan BlastN analizi sonucunda yüksek benzerlik oranı ile PPV-M ırkına ait olduğu belirlenmiştir. Enfekteli izolatlar için Maximum Likelihood (ML), Maximum Parsimony (MP) ve Bayesian Inference (BI) yöntemleri ile gerçekleştirilen filogenetik ağaçta da PPV-M ırkı ile kümelendiği gözlemlenmiştir. Enfekteli ağaçların imhasından sonra da aynı lokasyon ve bütün ilde yapılan sistematik sürveyler ve laboratuvar analizlerine iki yıl süre ile devam edilmiştir. Yapılan yoğun takip sürveyleri çerçevesinde ve laboratuvar analizleri sonucunda, Zonguldak ilindeki bahçelerin PPV’den arındırılması sağlanmış ve 1 km çapındaki alanda tampon bölge oluşturulmuştur. Tampon bölge içerisinde 3 yıl süreyle Prunus türlerinin yetiştiriciliği yasaklanmış, takip ve gözlem çalışmaları sonucunda bölgenin virüsten ari olması sağlanmıştır.