Solid and liquid wastes from livestock operations represent important challenges for animal production regarding their impact in the environment and public health. Parasitological tests performed on 80 samples of affluent and effluent waters from three anaerobic biodigestors with flexible structure from swine farms of Caldas -Colombia, showed the presence of Isospora suis (45%), Eimeria suis (42.5%), E. espinosa (35%), Strongyloides ransomi (28.8%), E. perminuta (12.5%), E. cerdonis (3.8%), and E. porci (2.5%). The additional finding of eggs of Taenia spp. in 10% of the samples was probably caused by a connection between the human sewage system and the biodigester. Although we observed a mean decrease of 65.6% of parasites, these levels were insufficient to meet the minimum requirement set by Engelberg's guidelines regarding water quality. This study demonstrates the serious environmental impact that an inadequately treated animal wastewater represents, and has important implications for water resources and human health.Keywords: Wastewater, biodigestor, swine parasites, Taenia, Eimeria. ResumoResíduos sólidos e líquidos oriundos da suinocultura representam desafios importantes para a produção animal no que diz respeito ao impacto do meio ambiente e em saúde pública. Testes parasitológicos foram realizados em 80 amostras de águas afluentes e efluentes de três biodigestores anaeróbicos com estrutura flexível em granjas de Caldas -Colômbia, demonstrando a presença de Isospora suis (45%), Eimeria suis (42,5%), E. espinosa (35%), Strongyloides ransomi (28,8%), E. perminuta (12,5%), E. cerdonis (3,8%) e E. porci (2,5%). A constatação adicional de ovos de Taenia spp. em 10% das amostras foi provavelmente causada pela conexão entre o sistema de esgoto humano e o biodigestor. Embora fosse observada uma diminuição média de 65,6% dos parasitas, estes níveis são insuficientes para atender ao requisito mínimo estabelecido pelas diretrizes Engelberg em relação à qualidade da água. Este estudo demonstra o grave impacto ambiental que águas residuais animais inadequadamente tratadas representam, bem como as implicações nos recursos hídricos e na saúde humana.