SUMMARY: The Mexican rockfish Sebastes macdonaldi is the Northeast Pacific rockfish with the southernmost distribution, featuring isolated populations in the Gulf of California. We analysed seven microsatellite loci in 111 organisms collected throughout most of its geographical range to test long-standing hypotheses regarding its disjunct distribution. One locus was fixed and the number of alleles in polymorphic loci ranged from 2 to 24 (average 13.5). We found very high levels of polymorphism (overall He = 0.75) comparable to other congeneric species but no significant differences in genetic diversity among localities or between Pacific and Gulf of California populations (p > 0.1). Significant shifts in allelic and genotypic frequencies were detected at three loci, which resulted in a small but significant partitioning of genetic variance among California, Baja California and Gulf of California populations (F ST = 0.007, p = 0.03) and between Gulf and Pacific populations (F ST = 0.01, p = 0.004). The latter but not the former result was corroborated by analyses of molecular variance (AMOVA) using the number of distinct alleles (F ST ) and the sum of square differences of allele sizes (R ST ) as Euclidean distances. The evidence argues against contemporary gene flow between the gulf and the Pacific ocean and against an ancient invasion of the gulf with a founder effect. The small level of divergence favours a recent dispersal but a larger data set including DNA sequences amenable to phylogenetic analyses will help to test alternative hypotheses of dispersal versus vicariance.Key words: Mexican rockfish, disjunct distribution, microsatellites, genetic structure, Baja California, México. RESUMEN: VARIACIÓN DE MICROSATÉLITES EN EL ROCKOT MEXICANO SEBASTES MACDONALDI. -El rockot mexicanoSebastes macdonaldi es la especie de Sebastes del Pacífico nororiental con la distribución geográfica más sureña e incluye poblaciones aisladas dentro del Golfo de California. Analizamos siete loci microsatelitales en 111 organismos que se colectaron a lo largo de gran parte de su distribución geográfica para probar hipótesis acerca de su distribución discontinua. Un locus se encontró fijado y el número de alelos en loci polimórficos varió entre 2 y 24 (media 13.5). Encontramos altos niveles de polimorfismo (en general He = 0.75) comparables con otras especies congenéricas, sin embargo no se encontraron diferencias en los niveles de diversidad entre las localidades ni entre las poblaciones del Pacífico y del Golfo de California (p > 0.1). Se detectaron cambios significativos en las frecuencias alélicas y genotípicas en tres loci, que resultaron en una división pequeña pero significativa de la variancia genética entre California, Baja California y el Golfo de California (F ST = 0.007, p = 0.03) y entre las poblaciones del golfo y del Pacífico (F ST = 0.01, p = 0.004). Solamente esta última diferenciación fue corroborada por un análisis de variancia molecular (AMOVA) en el que se utilizaron el número de alelos distintos (F ST ) y la su...