The data described here support the research article “4-HNE carbonylation induces local conformational changes on bovine serum albumin and thioredoxin. A molecular dynamics study” (Alviz-Amador et al., 2018) . Dataset on Gaff force field parameters of AMBER is provided for assembled three non-standard amino acids resulting of the 4-HNE Michael addition, the main end product of lipids peroxidation. Data include a framework for derivation of missing bonds, angles and dihedral parameters for Cys, His, and Lys modified amino acids, alongside optimized partial charges derived with Restrained Electrostatic Potential (RESP) method and the new force field parameters obtained by quantic mechanical (QM) using HF/6-31G** level of theory. Benchmark as a graphics tutorial summary steps to obtained new parameters and the validation of non-standard amino acids is presented. The new residues constructed are put available to the scientific community to perform molecular dynamics simulations of modified 4-HNE proteins.
Introducción: en general, el orégano es una planta medicinal usada en los pueblos de la costa Caribe colombiana para tratar afecciones del aparato respiratorio y el oído externo debido a su potencial efecto antiinflamatorio, analgésico y antiséptico; sin embargo, esto no se ha validado mediante ensayos clínicos. Objetivo: realizar un cribado virtual basado en el acoplamiento molecular de metabolitos secundarios identificados en el Origanum vulgare y mejorana frente al receptor Nav1.7 para evaluar el potencial efecto anestésico a nivel del oído externo. Método: el presente es un estudio in silico con un enfoque de cribado virtual por acoplamiento molecular, para lo cual se usó el software AutoDock Vina y para las predicciones farmacocinéticas se usó la herramienta en línea SwissADME del Swiss Institute of Bioinformatics (http://www.sib.swiss). Adicionalmente, se evaluó la toxicidad in silico de las moléculas utilizando el servidor GUSAR-Online. Resultados: de las 99 moléculas que fueron evaluadas por acoplamiento molecular se evidenció que las mayores afinidades con respecto al canal Nav1.7 fueron el ácido clorogénico, la rutina, la luteolina, el luteosido y la apigenina, donde se presentaron energías de afinidad con el sitio de unión en el poro central del canal a valores entre -5,40 ± 0,00 a -5,57 ± 0,06 kcal/mol;
de estos, de acuerdo con el análisis ADMET y GUSAR, solo el ácido clorogénico, la luteolina y la apigenina son buenos candidatos potenciales para fármacos anestésicos ya que cumplen con las cinco reglas de Lipinski.
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