RESUMO O presente trabalho teve como objetivo analisar a população fúngica das sementes de Helianthus annuus L. (girassol) e Tropaeolum majus L. (capuchinha) externa e internamente, comparando diferentes temperaturas na estocagem. Este trabalho foi desenvolvido no CEN - Centro de Estudos da Natureza da Universidade do Vale do Paraíba, na Cidade de São José dos Campos, SP. Analisou-se 400 sementes de girassol e capuchinha estocando-as em condição ambiental e de refrigeração por um período de 15 dias, sendo 50% de sementes de cada espécie tratadas com hipoclorito e o restante serviram de testemunha, o método utilizado no plaqueamento foi Blotter test. Considerando-se todos os tratamentos realizados, nas sementes de girassol houve o predomínio de Rhizopuz sp. e Fusarium sp., porém nas sementes de capuchinha o maior índice de fungos foi da espécie Aspergillus niger.
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