Bệnh xuất huyết do vi khuẩn Streptococcus sp là mầm bệnh truyền nhiễm chính gây thiệt hại đáng kể đến sản lượng cá rô phi toàn cầu. Hepcidin/HAMP ở cá đã được báo cáo có liên quan đến miễn dịch bẩm sinh chống lại các mầm bệnh vi khuẩn. Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành phân tích mối quan hệ giữa tính đa hình microsatellites/SSRs liên kết với gen hepcidin/HAMP và khả năng kháng bệnh do Streptococcus iniae trên cá rô phi vằn dòng NT1 (Đài Loan). 17 chỉ thị SSRs và cặp mồi đặc hiệu đã được thiết kế dựa trên WebSat. Kết quả đánh giá trên 95 cá thể cho thấy 9/17 chỉ thị SSRs có tính đa hình cao và tuân theo định luật Hardy-Weinberg. Các chỉ thị này sẽ được sử dụng để đánh giá khả năng kháng vi khuẩn S. iniae. 29 cá rô phi NT1 thế hệ thứ nhất (khối lượng 23,59 ± 5,388 g/con) đã được cảm nhiễm với vi khuẩn S. iniae 89353 bằng phương pháp tiêm, với liều tiêm LD50 là 1,3x105 cfu/mL. Kết quả phân tích cho thấy, có sự sai khác có ý nghĩa thống kê về kiểu gen và tần số alen giữa nhóm sống và nhóm chết sau cảm nhiễm vi khuẩn ở 3 chỉ thị SSRs (SSR7, SSR9 và SSR16) (p<0,05). Đây là marker có tiềm năng cho chọn giống cá rô phi Đài Loan kháng bệnh do S. iniae. ABSTRACT Streptococcus has been recognized as a major infectious disease-causing significant economic loss in tilapia aquaculture in many countries. The hepatic antimicrobial peptide hepcidin/HAMP was reported to be associated with innate immunity which defends against various bacterial pathogens and viruses. In this study, we analyzed the corelation between the microsatellites/SSRs polymorphism in the hepcidin/HAMP genes and the resistance to Streptococcus iniae in the NT1strain (tilapia strain in Taiwan). Seventeen of hepcidin/HAMP-related SSRs and 17 SSR-specific PCR primer were designed using WebSat. The result showed that 9/17 hepcidin/HAMP-related SSRs were polymorphic markers and there is significant deviation from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) (p<0,05). These SSRs were examined for disease resistance to S. iniae. Twenty-nine the First generation (G1) tilapia of NT1 strain (average weight of 23,59 ± 5,388g/fish) were challenged with virulent S. iniae 89353 through intraperioneal injection at dose of LD50 (1,3x105 cfu/ml). In this study, the genotype and the allele frequency in three SSRs (SSR7, SSR9 và SSR16) were significantly different between two groups (death fish with infected signals of S. iniae and alive fish infected with S. iniae) (p<0,05). Three SSRs (SSR7, SSR9 và SSR16) are considered as potential molecular markers for selective breeding of Taiwanese tilapia which resists to S. iniae.

Phản ứng multiplex-PCR đang được ứng dụng rộng rãi trong nghiên cứu phân tử bởi tính ưu việt của nó. Phản ứng multiplex-PCR có thể xác định đồng thời nhiều gen mục tiêu của các mồi trong cùng một phản ứng, giúp tiết kiệm thời gian, hóa chất, công sức và đặc biệt có hiệu quả cao. Trong nghiên cứu này, chúng tôi ứng dụng phản ứng multiplex-PCR để phát hiện kiểu huyết thanh và gen độc lực của vi khuẩn Streptococcus agalactiae gây bệnh xuất huyết trên cá rô phi vằn (Oreochromis niloticus). Phản ứng multiplex-PCR được tối ưu dựa trên kit My Taq™ HS Mix 2× và sử dụng chu trình nhiệt 2 bước. Kết quả đã xác định được vi khuẩn S. agalactiae gây bệnh trên cá rô phi vằn ở Việt Nam mang kiểu huyết thanh Ia và III, chứa 11-13 gen độc lực thuộc 3 nhóm yếu độc lực chính giúp phát động quá trình gây bệnh của vi khuẩn (yếu tố bám dính, yếu tố xâm nhập và yếu tố kháng miễn dịch). Điều này chứng tỏ các chủng nghiên cứu đều mang độc lực. Kết quả này cũng sẽ được ứng dụng để xác định độc lực của vi khuẩn S. agalactiae phục vụ phát triển chỉ thị phân tử (microsatellite và SNPs) trong chọn giống cá rô phi vằn kháng bệnh xuất huyết.

Ba quần thể cá Bỗng thu tại các tỉnh Hà Giang, Tuyên Quang, Hòa Bình đã được đánh giá đa dạng di truyền dựa trên phân tích trình tự gen COI. Kết quả chỉ ra rằng, 3 quần thể nghiên cứu có mức đa dạng haplotype (Hd) tương đối cao và đa dạng nucleotide (π) ở mức trung bình. Đã phát hiện được 11 haplotype khác nhau trong tổng số 90 trình tự được phân tích. Tất cả trình tự của các haplotype này đã được công bố trên cơ sở dữ liệu NCBI, với số hiệu GenBank từ MW446147 đến MW446157. Về giá trị sai khác di truyền FST cho thấy, giữa 3 quần thể cá Bỗng có sự khác biệt di truyền lớn, trong đó sự sai khác giữa Hà Giang và Tuyên Quang là lớn nhất (0,80807). Kết quả phân tích phương sai phân tử (AMOVA) chỉ ra có sự khác biệt về di truyền của cá Bỗng ở 3 vùng nghiên cứu do phần lớn biến dị di truyền là xảy ra giữa các quần thể (64,83%). Các quần thể có khoảng cách di truyền tương đối lớn và có cấu trúc quần thể rõ ràng. Các dữ liệu phân tích đã cho thấy thiếu sự di cư hoặc dòng chảy gen giữa các quần thể.