This research aimed to characterize the tolerance to flooding and alterations in pectic and hemicellulose fractions from mesocotyl of maize tolerant to flooding when submitted to hypoxia. In order to characterize tolerance seeds from maize cultivars Saracura BRS-4154 and BR 107 tolerant and sensitive to low oxygen levels, respectively, were set to germinate. Plantlet survival was evaluated during five days after having been submitted to hypoxia. After fractionation with ammonium oxalate 0.5% (w/v) and KOH 2M and 4M, Saracura BRS-4154 cell wall was obtained from mesocotyl segments with different damage intensities caused by oxygen deficiency exposure. The cell wall fractions were analyzed by gel filtration and gas chromatography, and also by Infrared Spectrum with Fourrier Transformation (FTIR). The hypoxia period lasting three days or longer caused cell lysis and in advanced stages plant death. The gelic profile from pectic, hemicellulose 2M and 4M fractions from samples with translucid and constriction zone showed the appearance of low molecular weight compounds, similar to glucose. The main neutral sugars in pectic and hemicellulose fractions were arabinose, xilose and mannose. The FTIR spectrum showed a gradual decrease in pectic substances from mesocotyl with normal to translucid and constriction appearance respectively.Index terms: pectic substances, hemicellulose. Tolerância ao alagamento e alterações de parede celular em mesocótilo de milho durante hipoxiaResumo Objetivou-se caracterizar a tolerância ao alagamento e alterações nas frações pécticas e hemicelulósicas de mesocótilos de milho submetidos à hipoxia. Sementes de milho cultivar Saracura BRS-4154 e BR 107, tolerante e sensível à hipoxia, respectivamente, foram submetidas à germinação e a sobrevivência das plântulas em condições de hipoxia, foi avaliada durante cinco dias. O material de parede celular, obtido de segmentos de mesocótilos da cultivar Saracura BRS-4154 com diferentes intensidades de danos causados por hipoxia, foi submetido a fracionamento com oxalato de amônio 0,5% e KOH 2M e 4M. As frações de parede celular obtidas foram analisadas por cromatografia em gel, cromatografia gasosa e espectro de infravermelho com transformação dos dados pela série de Fourrier (FTIR). Períodos de hipoxia superiores a três dias causaram a lise celular (aparência translúcida), e, em estádios mais avançados, a morte das plantas. O perfil gélico das frações pécticas, hemicelulose 2M e 4M das amostras de mesocótilos translúcidos e com constrição apresentaram compostos de baixos pesos moleculares semelhantes à glicose. Os principais açúcares neutros nas frações pécticas e hemicelulósicas foram arabinose, xilose e manose. O espectro de FTIR mostrou um decréscimo gradual nas substâncias pécticas do mesocótilo com aparência normal, para translúcido e constrição respectivamente.Termos para indexação: substâncias pécticas, hemicelulose.