This study analyzed the association of functionally significant SNPs of matrix metalloproteinase (MMP) genes in the development of peptic ulcer disease (PUD) in Caucasians from Central Russia. Ten SNPs of the MMP-1, MMP-2, MMP-3, MMP-8, and MMP-9 genes were analyzed for association with PUD in a cohort of 798 patients with PUD (including 404 H. pylori-positive and 394 H. pylori-negative) and 347 H. pylori-negative controls using logistic regression and assuming the additive, recessive, and dominant genetic models. The variants of MMP-1, MMP-2, MMP-3, and MMP-8 did not manifest any significant associations with the diseases. Five SNPs of the MMP-9 gene demonstrated such association. Allele G of the rs17576 MMP-9 locus conferred a higher risk for PUD (ORadj = 1.31, pperm = 0.016), haplotype AACG of loci rs17576-rs3787268-rs2250889-rs17577 of the MMP-9 gene decreased risk for PUD (ORadj = 0.17, pperm = 0.003). Also, allele C of rs3918249, allele G of rs17576 and haplotype CG of rs3918249-rs17576 of the MMP-9 gene increased risk for H. pylori-positive PUD (ORadj = 1.82, pperm = 0.002; ORadj = 1.53–1.95 pperm = 0.001–0.013 and ORadj = 1.49 pperm = 0.009 respectively). The above loci and 50 linked to them possess significant regulatory effects and may affect the alternative splicing of four genes and the expression of 17 genes in various organs and tissues related to the PUD pathogenesis.
РезюмеАктуальность: Одной из важных задач является изучение молекулярногенетических основ язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Данная патология достаточно широко распространена среди населения и имеет важное медико-социальное значение. Цель исследования: Целью настоящего исследования явился сравнительный анализ ассоциаций аллелей полиморфизма генов матриксных металлопротеиназ и гаплотипов полиморфных локусов гена матриксной металлопротеиназы 9 с развитием Н.pylori-негативной язвенной болезни желудка и язвенной болезни двенадцатиперстной кишки. Материалы и методы: Для данного исследования была сформирована выборка из 513 человек, среди которых 275 больных Н.pylori-негативной язвенной болезнью желудка (n=121) и двенадцатиперстной кишки (n=79) и 313 индивидуумов контрольной группы. Методом полимеразной цепной реакции синтеза ДНК (метод дискриминации аллелей) проведено генотипирование десяти полиморфных локусов генов матриксных металлопротеиназ: rs1799750 MMP1, rs243865 MMP2, rs679620 MMP3, rs1940475 MMP8, rs3918242, rs3918249, rs17576, rs3787268, rs2250889, rs17577 гена MMP9. Анализ ассоциаций аллелейи гаплотипов с язвенной болезнью проводился методом логистической регрессии. Построение гаплоблоков осуществлялось в программе Haploview v.4.2 с использованием алгоритмов «Confidence intervals» и «Solid Spine». Результаты: С развитием Н.pylori-негативной язвенной болезни желудка ассоциированы полиморфные локусы rs3918242 (OR=0,59, р perm =0,034), rs17577 гена MMP9 (OR=0,54, р perm =0,025) и гаплотип ТC полиморфных локусов rs3918242-rs3918249 (OR=0,56, p perm =0,032) гена MMP9. С возникновением Н.pylori-негативной язвенной болезни двенадцатиперстной кишки связан полиморфизм rs679620 гена MMP3 (OR=0,69, р perm =0,041). Структура гаплоблоков шести полиморфных локусов гена MMP9 у больных Н.pylori-негативной язвенной болезнью желудка и язвенной болезнью двенадцатиперстной кишки в сравнении с контрольной группой отличается. Заключение: Полиморфные локусы гена Оригинальная статья Original article Миняйло ОН. Распределение аллелей и гаплоблочная структура… Minyaylo ON. Allele distribution and haploblock structure … 489 MMP9 вовлечены в развитие Н.pylori-негативной язвенной болезни желудка, а полиморфизм гена MMP-3 связан с возникновением Н.pylori-негативной язвенной болезни двенадцатиперстной кишки. Ключевые слова: язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки; ассоциации; MMP; полиморфизм; Н.pylori Для цитирования: Миняйло ОH. Распределение аллелей и гаплоблочная структура полиморфизма генов матриксных металлопротеиназ у больных Н.pyloriнегативной язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки. Научные результаты биомедицинских исследований.
Background and purpose The study analyzed the association of functionally significant polymorphisms of matrix metalloproteinases (MMPs) genes with the development of gastric ulcer (GU) in Caucasians from Central Russia. Methods The 781 participants, including 434 patients with GU (196 Helicobacter pylori (H. pylori)-positive and 238 H. pylori-negative) and 347 controls (all H. pylori-negative) were recruited for the study. Ten SNPs of the MMP1 (rs1799750), MMP2 (rs243865), MMP3 (rs679620), MMP8 (rs1940475), and MMP9 (rs3918242, rs3918249, rs3787268, rs17576, rs17577, and rs2250889) genes were considered for association with GU using multiple logistic regression. The SNPs associated with GU and loci linked (r2≥0.8) to them were analyzed in silico for their functional assignments. Results The SNPs of the MMP9 gene were associated with H. pylori-positive GU: alleles C of rs3918249 (OR = 2.02, pperm = 0.008) and A of rs3787268 (OR = 1.60–1.82, pperm ≤ 0.016), and eight haplotypes of all studied MMP9 gene SNPs (OR = 1.85–2.04, pperm ≤ 0.016) increased risk for H. pylori-positive GU. None of the analyzed SNPs was independently associated with GU and H. pylori-negative GU. Two haplotypes of the MMP9 gene (contributed by rs3918242, rs3918249, rs17576, and rs3787268) increased risk for GU (OR = 1.62–1.65, pperm ≤ 0.006). Six loci of the MMP9 gene, which are associated with H. pylori-positive GU, and 65 SNPs linked to them manifest significant epigenetic effects, have pronounced eQTL (17 genes) and sQTL (6 genes) values. Conclusion SNPs of the MMP9 were associated with H. pylori-positive GU but not with H. pylori-negative GU in Caucasians of Central Russia.
Data on the allele and genotype frequencies of the three functionally significant single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the matrix metalloproteinases ( MMP ) genes (rs1799750 MMP1 , rs3918242 and rs17576 MMP9 ) in Russian patients with primary open-angle glaucoma (POAG), essential hypertension (EH) and peptic ulcer (PU) are presented. Association studies identified these SNPs as possible significant markers associated with many multifactorial disorders, including POAG, EH, and PU. The frequencies of alleles and genotypes of the three SNPs in Russian patients with POAG, EH, and PU were presented separately for the entire study sample, females, and males, respectively. The data can be used as a reference for the Russian population.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.