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Accurate and timely detection of recombinant lineages is crucial for interpreting genetic variation, reconstructing epidemic spread, identifying selection and variants of interest, and accurately performing phylogenetic analyses. During the SARS-CoV-2 pandemic, genomic data generation has exceeded the capacities of existing analysis platforms, thereby crippling real-time analysis of viral recombination. Low SARS-CoV-2 mutation rates make detecting recombination difficult. Here, we develop and apply a novel phylogenomic method to exhaustively search a nearly comprehensive SARS-CoV-2 phylogeny for recombinant lineages. We investigate a 1.6M sample tree, and identify 606 recombination events. Approximately 2.7% of sequenced SARS-CoV-2 genomes have recombinant ancestry. Recombination breakpoints occur disproportionately in the Spike protein region. Our method empowers comprehensive real time tracking of viral recombination during the SARS-CoV-2 pandemic and beyond.
Ansiedad y depresión en relación a noticias sobre COVID-19:un estudio en población general paraguaya RESUMEN Introducción: Se ha notado un aumento de cuadros psicopatológicos (ansiedad, depresión) tras el inicio de la pandemia de COVID-19. El flujo constante de información relacionada con la pandemia puede contribuir a este hecho. Objetivo: Determinar la presencia de síntomas de ansiedad y depresión, y su relación con las noticias sobre COVID-19 en población general. Metodología: Estudio descriptivo de asociación cruzada, de corte transversal y prospectivo. Una encuesta en línea fue difundida a nivel nacional a través de redes sociales (Facebook, Twitter, Instagram) y aplicaciones de mensajería (Whatsapp, Telegram). El cuestionario Coronavirus Anxiety Scale (CAS) se utilizó para medir síntomas de ansiedad. Síntomas depresivos fueron evaluados con el Patient Health Questionnaire-2 (PHQ-2). Se utilizó estadística descriptiva para todas las variables. Para buscar asociaciones se utilizaron la prueba t de Student y ANOVA. Resultados: Participaron 1108 personas (media de edad = 35 ± 13 años). Su principal fuente de información fue Twitter (37,5 %). En el 88,4 % de los participantes, la información provenía del Ministerio de Salud Pública o agencias de salud. En cuanto a ansiedad, el 67,9 % de la muestra obtuvo al menos 1 punto en el CAS y el puntaje medio de la escala fue de 2,89 ± 3,4. Según los puntos de corte del PHQ-2, el 26,1 % de la muestra obtuvo puntajes indicativos de depresión. Conclusión: Se ha observado como la exposición constante a información referente al COVID-19 puede resultar en mayores niveles de ansiedad y depresión.
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