L’oued Sebou, l’une des ressources en eau les plus importantes du Maroc, reçoit quotidiennement un important volume d’eaux usées de la ville de Fès. La présente étude analyse l’impact de ces rejets sur la qualité de ce système aquatique. Les métaux lourds et éléments toxiques (Cr, Zn, Fe, Co, As, Ba, Sr, Ag, Hg, Sb et Rb) ont été déterminés, par activation neutronique, dans l’effluent urbain et dans les eaux et les sédiments du cours en amont et en aval de sa confluence avec les rejets. Les résultats ont montré qu’il y a une forte contamination du cours d’eau par ces métaux et que les facteurs de contamination les plus élevés ont été observés pour Cr et Zn, alors que Hg, Ag et As ne se retrouvent que dans les stations avales. De plus, dans les stations avales il y a une forte augmentation de la charge organique (DCO, DBO, matières organique volatiles), de la salinité et de la teneur en ammonium, en orthophosphates, en sulfate, en sodium et en calcium, et une chute drastique de la teneur en oxygène dissous. Outre la dégradation de la qualité des eaux, on a relevé une chute importante de l’indice biotique qui passe de 8 en amont à 2 en aval. Du fait du régime hydrologique du cours d’eau et des conditions climatiques de la région, les métaux lourds accumulés dans les sédiments peuvent être remobilisés et constituent un risque d’une contamination à grande échelle.