Burkholderia cenocepacia complex is associated with high transmissibility, virulence, and poor prognosis in cystic fibrosis (CF) patients. However, extrapulmonary infections are rare. We investigated the genome of a B. cenocepacia IIIA isolated from a liver abscess in a Brazilian CF patient and compared it to strain J2315. The whole genome was sequenced, and contigs were annotated by Rapid Annotation using Subsystem Technology. The Pathosystems Resource Integration Center was used to map antimicrobial and virulence genes. The genomic island (GIs) analysis was performed using two prediction methods, and the presence of putative plasmids and insertion sequences (ISs) was investigated. The isolate was confirmed as B. cenocepacia IIIA to ST-28 (ET12 lineage). A total of 64 genes for antimicrobial resistance and 47 genes related to virulence were identified. Among the virulence factors, there was a predominance of factors related to the invasion mechanism, to the flagellar biosynthesis protein, and to the RNA polymerase sigma factor for flagellar operon (cdpA). Two IS families (IS3 and IS5) and only one plasmid were found. On average 56 GIs were predicted by at least one of the methods applied. Comparative analysis showed resistance mechanisms and virulence factors revealing invasive determinants used by B. cenocepacia IIIA (ET12) in the process of disease spread to other infection sites (extrapulmonary) of highly virulent strains in CF patients.
Resumo
Objetivo Estimar a frequência da colonização por Staphylococcus aureus e as bactérias não suscetíveis à cefalosporina, em pacientes com fratura proximal do fêmur durante a internação pré-operatória.
Métodos Avaliação da prevalência e incidência em 63 pacientes hospitalizados ao longo de um ano. O tempo médio de internação pré-tratamento foi de 12 dias. As amostras foram coletadas das narinas, pele da virilha e mucosa anal, durante a internação prévia ao tratamento e testadas pela técnica de disco-difusão.
Resultados A incidência da colonização hospitalar e a prevalência de resultados positivos foram de 14,3% e 44,4% para Staphylococcus aureus; 3,2% e 6,4% para S. aureus resistente à meticilina; 28,6% e 85,7% para Staphylococcus coagulase-negativo resistente à meticilina; 28,6% e 61,9% para Enterobacteriaceae não suscetível à cefazolina (KFNSE); e 20,6% e 28,6% para Enterobacteriaceae não suscetível à cefuroxima (CXNSE). Além da duração do período de internação pré-tratamento, os pacientes não deambularam previamente à ocorrência da fratura e nem fizeram uso de antimicrobiano. Além disso, a duração do período de internação pré-tratamento cirúrgico, ser não-deambulador antes da fratura, uso de antimicrobianos, risco cirúrgico IV pela American Society of Anesthesiologists (ASA) e internação anterior, estiveram relacionados a um aumento na incidência de aquisição hospitalar e prevalência de colonização pelas cepas avaliadas. A prevalência de colonização pela KFNSE foi três vezes maior do que pela CXNSE na admissão e duas vezes maior no momento do tratamento da fratura.
Conclusão Observou-se uma alta incidência da colonização hospitalar e prevalência da colonização por todas as cepas estudadas, o que pode orientar a indicação de medidas profiláticas contra a infecção.
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