The spatial and temporal fish species assemblages were analyzed throughout two annual cycles (2004-2005 and 2007-2008) in the Ría Lagartos Lagoon system, Mexico, via non-parametric multivariate analyses. We compared density and biomass of fish species among five habitat types defined by combinations of structure and environmental characteristics (hyperhaline, rocky, seagrass, channel, and marine), and three climatic seasons (dry, rainy, and northerlies). A total of 11,187 individuals distributed in 32 families and 63 species were collected. The most numerically abundant species were Floridichthys polyommus and Cyprinodon artifrons, while Sphoeroides testudineus contributed to the greatest biomass. Species composition consisted mainly of estuarine and euryhaline marine species. Spatially, a saline gradient was observed with marine conditions in the mouth, and increasing to over 100 in the inner zone of the system. Species richness, diversity and biomass declined from the mouth to the inner zone, while density showed an inverse tendency, with the highest values in the inner zone. Thus the salinity was the variable that best explained the spatial fish assemblages' structure. The ichthyofauna composition did not change over time, but the dominant species varied with the years. The abundance of juvenile specimens, suggest that the different habitats are used as feeding and breeding zones; hence it is proposed that protection strategies be pursued not only for the lagoon system but also for the northern zone of the Yucatan Peninsula. Los ensamblajes espacio temporales de peces fueron analizados a través de dos ciclos anuales (2004-2005) y 2007-2008) en el sistema lagunar Ría Lagartos, México, vía análisis multivariados no paramétricos. Se comparó la densidad y biomasa de peces entre los cinco tipos de hábitats definidos por la combinación de características estructurales y ambientales (hiperhalino, rocoso, pastos, canal y marino) y tres temporadas climáticas (secas, lluvias y nortes). Un total de 11.187 individuos fueron recolectados, distribuidos en 32 familias y 63 especies. Las especies numéricamente más abundantes fueron Floridichthys poliommus y Cyprinodon artifrons, mientras que Sphoeroides testudineus contribuyó principalmente con la biomasa. La composición de especies consistió principalmente de especies marinas eurihalinas y estuarinas. Espacialmente, un gradiente de salinidad fue observado con condiciones marinas en la boca del sistema lagunar, incrementándose hacia la zona interna con valores superiores a 100. La riqueza de especies, diversidad y biomasa disminuyó desde la boca hacia la zona interna, mientras que la densidad mostró una tendencia inversa, con valores más altos en la zona interna. La salinidad fue la variable que mejor explicó la estructura espacial de los ensamblajes de peces. La composición de la ictiofauna no cambió en el tiempo, pero las especies dominantes varían con los años. La abundancia de especímenes juveniles sugiere que los diferentes hábitats son usados como zonas de alimentació...