As proteínas histônicas estão presentes no nucleossomo e possuem um importante papel em eventos de modificação da cromatina e controle da expressão gênica. A família multigênica U Small nuclear RNA (U snRNA) compõem a maquinaria do spliceosomo. Embora adequados para utilização como sondas, pouco tem sido explorado em insetos. Com isso, o objetivo deste estudo foi compreender parte dos mecanismos geradores da variação citogenética no gênero Omophoita. Para isso foram caracterizadas as sequências das famílias gênicas H1, H3, H4 e U1, U2 snRNA para posterior utilização em localização in situ nas espécies: O. octoguttata, O. personata, O. magniguttis e O. sexnotata. Com os resultados foi possível determinar as sequências parciais dos genes aqui estudados. Além disso, foi possível associar a sequência de cada gene com elementos repetitivos: gene H1 e transposon L1-9_LCh; gene U1 snRNA e transposon SINEU-1A_Croc; gene U2 snRNA e transposon DIRS-1d_Lch. A localização in situ destas sequências resultou em: O. octoguttata evidenciou sítios marcados de H3 em todos os cromossomos e, 9 pares autossômicos, X+y, com clusters de H3, U2, U1; O. personata mostrou 5 bivalentes, X+y, com marcações de H1, H3 e, 8 bivalentes, X+y, com H4, U2, U1; O. magniguttis apresentou marcações de H1 em todos os cromossomos, 8 pares autossômicos e y com H3 e H4, 6 bivalentes e y com U2 e, 5 bivalentes e y com U1; O. sexnotata mostrou a presença de H3 em todos os cromossomos, 3 pares autossômicos, X+y, com H1, 9 bivalentes, X+y, com H4, U2 e, 7 bivalentes, X+y, com U1. Além disso, houve sintenia de localização cromossômica para todas as sequências em todas as espécies analisadas. Os resultados da localização in situ com presença de transposons inseridos mostram variações moleculares nos cariótipos de Omophoita que anteriormente eram consideradas conservadas. Também reforça a hipótese de transposição de sequências associadas a elementos transponíveis e origem de pseudogene de famílias multigênicas. Embora preliminares, os resultados obtidos para a caracterização das famílias gênicas histônicas e U snRNA mostraram-se promissores para o entendimento das variações cariotípicas interespecíficas em Omophoita.Apoio: CNPq, SETI-PR, Fundação Araucária e CAPES