The paper presents the information technology of gene expression profiles processing in order to reconstruct gene regulatory networks. The information technology is presented as a structural block-chart, which contains all stages of studied data processing. DNA microchips of patients, which were studied on different types of diseases, were used as experimental data. The relative criteria of validation for all reconstructed networks were calculated during simulation process. The obtained results show high efficiency of the proposed technology. High values of the validation criteria indicate a high level of the obtained gene networks objectivity.
System level diagnosis is an abstraction of high level and, thus, its practical implementation to particular cases of complex systems is the task which requires additional investigations, both theoretical and modeling. Traditionally, system self-diagnosis is used for detecting of permanently faulty nodes. In the paper, we consider the problems of intermittent fault detection and suggest diagnosis procedures which allow distinguishing between different types of intermittent faults. For each type of intermittent faults the diagnosis procedure was developed
Реконструкция S-системы гибридным алгоритмом клонального отбора и дифференциальной эволюции Рассмотрено решение задачи реконструкции генной регуляторной сети, представленной в форме S-системы. Предложен гибридный алгоритм, основанный на методе клонального отбора. Проведены экспериментальные исследования влияния параметров гибридного алгоритма на качество решения задачи идентификации S-системы. На тестовых примерах проведен сравнительный анализ предложенного алгоритма с другими аналогичными вычислительными методами. Ключевые слова: генные регуляторные сети, реверсная инженерия, экспрессия генов, обыкновенные дифференциальные уравнения, S-система, алгоритм клонального отбора, дифференциальная эволюция, структурно-параметрическая идентификация, сходимость алгоритма. Розглянуто рішення задачі реконструкції генної регуляторної мережі, представленої у формі S-системи. Запропоновано гібридний алгоритм, заснований на методі клонального відбору. Проведено експериментальні дослідження впливу параметрів гібридного алгоритму на якість виконання задачі ідентифікації S-системи. На тестових прикладах проведено порівняльний аналіз запропонованого алгоритму з іншими аналогічними обчислювальними методами. Ключові слова: генні регуляторні мережі, реверсна інженерія, реконструкція мереж, експресія генів, звичайні диференціальні рівняння, S-система, алгоритм клонального відбору, диференціальна еволюція, структурно-параметрична ідентифікація, збіжність алгоритму.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.