Fungal diseases in cotton (Gossypium hirsutum), such as anthracnose caused by Colletotrichum gossypii and ramulose caused by C. gossypii var. cephalosporioides, are responsible for large yield losses. These pathogens are seed borne and morphologically similar although they induce different symptoms, which can lead to misdiagnosis using the blotter testing method. The present study was carried out to assess the viability of using Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers to differentiate these pathogens. Five isolates, for each pathogen, were classified according to pathogenicity on cotton plants, and mycelial growth morphology. Conidial suspensions were sprayed on 30-day-old cotton plants and the symptoms assessed ten and 40 days after inoculation. For growth morphology 200 cottonseeds were inoculated with seven-day-old pure cultures, and the mycelial traits observed under a stereoscopic microscope seven days after inoculation. The DNA for AFLP analysis was obtained from seven-day-old fungal mycelia grown in liquid medium, using the Dneasy Qiagen protocol. Using the AFLP technique 318 polymorphic bands were selected to estimate similarities using Dice's Coefficient. The results clearly distinguished between ramulose and anthracnose isolates, which agreed with morphological and pathogenicity testing.Additional keywords: molecular markers, anthracnose, ramulose, cotton diseases, seed borne pathogens. RESUMOMarcadores AFLP diferenciam Colletotrichum gossypii de C. gossypii var. cephalosporioides Doenças fúngicas em algodoeiro (Gossypium hirsutum), tais como antracnose causada por Colletotrichum gossypii e ramulose causada por C. gossypii var. cephalosporioides, levam a grandes perdas em produtividade. Estes microrganismos são patógenos veiculados por sementes e morfologicamente similares apesar deles induzirem sintomas diferentes, que podem levar a um erro no diagnóstico usando o teste de sanidade com sementes em rolo de papel. O presente estudo foi realizado para acessar a viabilidade do uso de marcadores Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) para diferenciar estes patógenos. Cinco isolados, para cada patógeno, foram classificados de acordo com a patogenicidade e morfologia de crescimento micelial. As suspensões de conídios foram pulverizadas em plantas de algodoeiro com 30 dias e os sintomas avaliados aos dez e 40 dias após a inoculação. Para a morfologia de crescimento micelial, 200 sementes foram inoculadas com culturas puras com sete dias, e as características miceliais observadas sob microscópio esterioscópico sete dias após a inoculação. O DNA para a análise de AFLP foi obtido de micélio fúngico com sete dias, crescido em meio líquido, usando o protocolo Dneasy Qiagen. A técnica AFLP produziu 318 bandas polimórficas que foram selecionadas para calcular as similaridades usando o Coeficiente de Dice. Os resultados claramente distinguiram os isolados causadores de ramulose dos de antracnose, os quais concordam, com dados morfológicos e de patogenicidade.

A antracnose e a ramulose são doenças do algodoeiro (Gossypium hirsutum) causadas, respectivamente, por Colletotrichum gossypii e C. gossypii var. cephalosporioides, sendo a ramulose a mais importante sob o ponto de vista de prejuízos causados. Por se tratarem de fungos transmitidos por sementes, de difícil diferenciação por métodos convencionais, o desenvolvimento de metodologia usando técnicas moleculares é uma opção que se dispõe na busca de maior precisão e rapidez. O presente trabalho objetivou associar informações do teste de patogenicidade com marcadores bioquímicos e moleculares de DNA/RAPD, visando a identificação e diferenciação do complexo Colletotrichum. Foram usados dez isolados, sendo três classificados como causadores de antracnose e sete de ramulose, pelo teste de patogenicidade. Os marcadores bioquímicos não se mostraram eficientes para a distinção dos isolados causadores da ramulose e da antracnose. Na análise de RAPD, o valor de similaridade encontrado para os dois grupos foi de 51,7%, confirmando a potencialidade da técnica para diferenciar tais fungos.