Objetivou-se nesse trabalho avaliar as características fenotípicas e genotípicas de populações de ovinos da raça Santa Inês e Morada Nova, com a finalidade de estimar valores genéticos diretos e indiretos e selecionar indivíduos. Foram considerados dados de 429 animais provindos do Programa de Melhoramento Genético da raça Santa Inês, parceria entre a Associação Sergipana dos Criadores de Caprinos e Ovinos (ASCCO) e a Universidade de São Paulo (USP). A estimação dos parâmetros genéticos das características peso ao nascimento (PN), ganho de peso médio diário (GPMD) e peso ao desmame (PD) foi realizada por meio de modelos mistos, e a seleção, por meio das estimativas dos valores genéticos preditos. A seleção direta proporcionou ganhos genéticos a todas as características avaliadas e ainda à medida que a porcentagem de animais selecionados aumentou, o ganho com a seleção diminuiu. O contrário ocorreu na seleção indireta, no qual não foi observado ganho com o processo seletivo. A seleção genética intra-populacional mostrou-se viável para a melhoria das características avaliadas, visto que dentro de cada população existiam animais com maiores valores genéticos que puderam ser acasalados entre si buscando aumentar o ganho genético. Além da seleção intra-populacional, o ideal seria o cruzamento de ambas as raças visando a melhoria da raça Morada Nova por meio de heterose.
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