Investment in SARS-CoV-2 sequencing in Africa over the past year has led to a major increase in the number of sequences generated, now exceeding 100,000 genomes, used to track the pandemic on the continent. Our results show an increase in the number of African countries able to sequence domestically, and highlight that local sequencing enables faster turnaround time and more regular routine surveillance. Despite limitations of low testing proportions, findings from this genomic surveillance study underscore the heterogeneous nature of the pandemic and shed light on the distinct dispersal dynamics of Variants of Concern, particularly Alpha, Beta, Delta, and Omicron, on the continent. Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve, while the continent faces many emerging and re-emerging infectious disease threats. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century.
Snappers, como os Lutjanidae são conhecidos, estão amplamente distribuídos ao longo do Atlântico Ocidental, especialmente espécies do gênero Lutjanus, o mais abundante para esta região. Representam importantes recursos pesqueiros, sendo bastante capturados pela pesca comercial. Para a costa do Brasil, Atlântico Sul Ocidental, as espécies mais capturadas são L. purpureus, L. analis, L. synagris, O. chrysurus e o L. vivanus. Este último é comumente capturado em conjunto com o pargo L. purpureus. O objetivo do trabalho foi reunir dados da Região Controle mitocondrial para essas cinco espécies a fim de discutir aspectos da estrutura genética de suas populações e testar sua eficiência como marcador espécie-específico. Analisamos uma região de 390 pb da porção 5’ para 827 snappers, sendo 107 da espécie L. analis, 240 de L. purpureus, 272 de L. synagris, 56 de L. vivanus e 152 de O. chrysurus. Observamos diferentes níveis de diversidade genética para as cinco espécies, além do intenso compartilhamento de haplótipos em cada uma, sugerindo ampla conectividade genética para a costa do Brasil. Acreditamos que os diferentes padrões de variação observados estão relacionados a história evolutiva das espécies, aliados as peculiaridades bioecológicas de cada uma, sendo um produto de eventos históricos. Por isso, acreditamos que a RC é bastante adequada para a detecção de perda de diversidade resultante de gargalos populacionais históricos, não sendo adequada para a diagnose de sobrepesca. Além disso, comprovamos sua utilidade como marcador espécie-específico, representando uma nova possibilidade de Barcode para Lutjanidae.
O objetivo deste trabalho foi descrever a pesca do Centropomus undecimalis, no litoral amazônico brasileiro a partir do conhecimento dos atores da pesca e traçar o perfil socioeconômico desses trabalhadores. Os dados foram obtidos por meio de entrevistas semiestruturadas junto aos pescadores, mestres e donos de embarcações, entre março e maio de 2019 no município de Bragança (PA), por meio da técnica snowball. Os dados foram tabulados e analisados nos Software Microsoft Office Excel e Past. Traçado o perfil socioeconômico dos entrevistados com base na idade, escolaridade, tempo de atuação na pesca e renda foi observado que não houve diferença significativa entre os participantes, indicando um grupo similar, exceto em relação a renda, que variou significativamente em função da ocupação/profissão. A pesca do C. undecimalis no litoral amazônico acontece, principalmente, por meio das embarcações artesanais que variam de pequeno a médio porte e utilizam, essencialmente, rede móvel do tipo pescadeira que normalmente é utilizada na captura da pescada-amarela. Atuam em pesqueiros próximos ou distantes dos locais de desembarque, conhecidos popularmente como “Norte” (AP), “Emburateuas”, “Poços”, “Barra de Bragança” (PA) e porção costeira do Maranhão (MA). A captura dessa espécie é realizada durante o ano todo, embora, sua produção seja baixa e irregular. Contudo, tem alto valor comercial e boa aceitação no mercado, especialmente, o nacional. Essa baixa captura acende um sinal de alerta sobre o estado do estoque dessa espécie e abre novas linhas de investigação com a hipótese da inadequação da técnica de pesca empregada atualmente na sua captura.
Molecular genetic techniques are an effective monitoring tool, but high-quality DNA samples are usually required. In this study, we compared three different protocols of DNA extraction: NaCl (saline); phenol-chloroform and commercial kit (Promega)—from three biological tissues of five individuals of Lutjanus purpureus under two methods of storage. The evaluated items included DNA concentration and purity, processing time and cost, as well as the obtaining of functional sequences. The highest average values of DNA concentration were obtained using the saline procedure and the commercial kit. Pure DNA was only obtained using the saline protocol, evaluated by the ratio of 260/280. The saline and phenol-chloroform protocols were the least expensive methods. The commercial kit costs are counterbalanced by the short time required. The procedure based on phenol-chloroform presented the worst results regarding DNA yield and the time required to perform all steps. The saline and commercial kit protocols showed similar results concerning the amount and quality of extracted DNA. Therefore, the final choice should be based on the available financial resources and the available time for carrying out each procedure of DNA extraction.
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