2 Autor para la correspondencia: dvalerio@umich.mx.Resumen: Swietenia macrophylla King, es una especie tropical que históricamente ha sido explotada por su alta calidad maderable y actualmente está catalogada como amenazada de extinción. En este estudio se usaron cuatro microsatélites nucleares polimórfi -cos para estimar los niveles de variación y estructura genética de seis poblaciones fragmentadas de S. macrophylla, distribuidas en la Península de Yucatán y sur de Veracruz, México. Se encontró un promedio de variación genética moderado (H E = 0.600) y un nivel de endogamia alto y signifi cativo (F IS = 0.309). El tamaño efectivo (N E ) fue heterogéneo entre las poblaciones con un promedio de 19.4. La estructura genética fue baja pero signifi cativa (F ST = 0.095), y la tasa de migración alta (M > 3.83). El dendrograma y el análisis de inferencia Bayesiana de la estructuración genética y espacial defi nieron tres grupos altamente diferenciados, pero no siguen un patrón de aislamiento por distancia (P = 0.486). Los resultados aportan evidencias de que S. macrophylla es susceptible a la pérdida de variación genética por el efecto de la fragmentación del hábitat y apoyan la hipótesis de expansión reciente de las poblaciones por el efecto fundador de algunos genotipos. Finalmente, se sugieren dos probables rutas de dispersión de las poblaciones; la primera a través de la zona del Caribe y la segunda por la vertiente del Golfo de México. Palabras clave: caoba, expansión, fragmentación, México, variación genética. Abstract: Swietenia macrophyllaKing is a tropical species that historically had been exploited as a timber resource of high quality and currently listed as threatened of extinction. The present study evaluated genetic variation and structure of six fragmented populations of S. macrophylla from the Yucatan Peninsula and southern Veracruz, Mexico, using four reproducible and polymorphic nuclear microsatellites. A moderate value of genetic variation was found (H E = 0.600), and a high and signifi cant coeffi cient of inbreeding (F IS = 0.309; P = 0.0001). The effective population size (N E ) was heterogeneous among populations with an average of 19.4. The genetic structure was moderate but signifi cant (F ST = 0.095) and the migration rate high (M > 3.83). Two and three highly differentiated groups were defi ned with the dendrogram and the Bayesian inference analyzes of spatial and genetic structure; however, the isolation by distance analysis between pairs of populations was not signifi cant (P = 0.486). The results provide us evidences of S. macrophylla is susceptible to lost genetic variation to habitat fragmented, and support a recent expansion hypothesis based on the founder effect of some genotypes. Finally two probable dispersal routes are suggested; the fi rst through the Caribbean zone and the second in the Gulf of Mexico coastal.