Se registra la presencia de cinco especies de la familia Otariidae, tres especies de la familia Balaenopteridae, una especie de la familia Eschiteridae, doce especies de la familia Delphinidae, una especie de la familia Kogiidae, una especie de la familia Physeteridae y tres especies de la familia Ziphidae: un total de 26 especies de mamíferos marinos. La mayoría de especies se conocen por varamientos; otras, se basan sobre prospecciones de investigación. Seis especies son accidentales, ya que no ocurren de manera natural en aguas de Centroamérica. Ocho especies son migratorias y 12 especies son residentes y ocurrentes normales en aguas pelágicas. Cuatro especies, se considera, ocurren frecuentemente en las aguas costeras: la Ballena jorobada (Megaptera novaeangliae), el Delfín manchado (Stenella attenuata), el Delfín tornillo (Stenella longirostris) y el Delfín nariz de botella (Tursiops truncatus). Cinco especies están incluidas bajo amenaza o en peligro a nivel mundial.
El cálculo de caudales ecológicos de ríos en El Salvador, se basa en metodologías hidráulicas orientadas al uso del agua, sin tomar integridad y función ecológica. Se presenta el estudio de caso del río Cara Sucia, donde se determinó el caudal ecológico por metodologías eco-hidráulicas utilizando a Amatitlania nigrofasciata como bioindicador. Se estimó la curva de idoneidad de hábitat de A. nigrofasciata con profundidad, velocidad del agua y tipo de sustrato. La especie prefiere hábitats con profundidades de 0.2-0.7 m (juveniles y adultos) y hasta 0.8 m época lluviosa; sobre sustratos rocosos, hojarascas y vegetación sumergida, con velocidades de 0.3-0.6 m/s en ambas épocas. La simulación del ambiente físico mostró caudales de 1.0 m3/s con condiciones habitables para la especie y hábitat potencial con caudales de 2.2 m3/s (juveniles) y 5.0 m3/s (adultos). Condiciones de estrés hídrico por cambio climático y actividades antropogénicas afectarán este ecosistema, eliminando funciones ecológicas y económicas locales.
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