The Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is the causal agent of COVID-19 (Coronavirus Disease-19). Both mutation and/or recombination events in the SARS-CoV-2 genome have resulted in variants that differ in transmissibility and severity. Furthermore, RNA methylation of the N6 position of adenosine (m6A) is known to be altered in cells infected with SARS-CoV-2. However, it is not known whether this epitranscriptomic modification differs across individuals dependent on the presence of infection with distinct SARS-CoV-2 variants, the viral load, or the vaccination status. To address this issue, we selected RNAs (n = 60) from SARS-CoV-2 sequenced nasopharyngeal samples (n = 404) of 30- to 60-year-old outpatients or hospitalized individuals from the city of Mazatlán (Mexico) between February 2021 and March 2022. Control samples were non-infected individuals (n = 10). SARS-CoV-2 was determined with real-time PCR, viral variants were determined with sequencing, and global m6A levels were determined by using a competitive immunoassay method. We identified variants of concern (VOC; alpha, gamma, delta, omicron), the variant of interest (VOI; epsilon), and the lineage B.1.1.519. Global m6A methylation differed significantly across viral variants (p = 3.2 × 10−7). In particular, we found that m6A levels were significantly lower in the VOC delta- and omicron-positive individuals compared to non-infected individuals (p = 2.541236 × 10−2 and 1.134411 × 10−4, respectively). However, we uncovered no significant correlation between global m6A levels and viral nucleocapsid (N) gene expression or age. Furthermore, individuals with complete vaccination schemes showed significantly lower m6A levels than unvaccinated individuals (p = 2.6 × 10−4), and differences in methylation levels across variants in unvaccinated individuals were significant (p = 3.068 × 10−3). These preliminary results suggest that SARS-CoV-2 variants show differences in global m6A levels.
La pandemia de COVID-19 es un problema de salud pública que ha revelado las deficiencias y los retos presentes en el funcionamiento de los sistemas hospitalarios del mundo. En México, hasta el momento de finalizar esta recopilación, se han manifestado cuatro “olas epidemiológicas”, cada una dominada por variantes virales con comportamientos diferentes. En este reporte se describe el progreso de la pandemia COVID-19 en la población de Sinaloa, México, durante las cuatro olas epidemiológicas. La información se obtuvo de las bases de datos públicas federales durante el período de marzo del 2020 a febrero del 2022 y los genomas de las variantes de SARS-CoV-2 de interés y preocupación en Sinaloa se tomaron de la base de datos GISAID de enero del 2021 a mayo del 2022. El riesgo relativo (RR) de contraer SARS-CoV-2 fue calculado a partir de documentos públicos. Sinaloa presentó cuatro olas epidemiológicas, entre marzo del 2020 y febrero del 2022, cada una estuvo dominada por variantes diferentes, también en grado de transmisión y severidad. Es un hecho de interés que la variante delta (presente en la tercera ola) fue la más severa, por el alto número de enfermos por día y las altas tasas de mortalidad, a diferencia de la variante omicron (en la cuarta ola) que produjo el mayor número de pacientes por día, pero menores tasas de mortalidad. La mayoría de los contagios por COVID-19 en Sinaloa se presentaron en la población de entre 30 y 45 años de edad, con una edad promedio de los fallecidos superior a los 60 años en todas las olas; estos últimos por ser adultos mayores, fueron más vulnerables que los infantes y las personas más jóvenes, sin embargo, el riesgo relativo (RR) para personas mayores disminuyó en la tercera y cuarta olas. Los hombres mayores de 60 años presentaron un RR más alto que las mujeres de la misma edad. En el transcurso de la pandemia, los cambios de comportamiento del virus se deben a la emergencia de las nuevas variantes y a la respuesta de la población inmunizada. En general, los resultados indican que las variantes (subvariantes o sublinajes) del SARS-CoV-2 cada vez que surgen en lo que se denomina como “una ola”, el grado de severidad y su transmisión es distinta, lo que conlleva a la población a una permanente prevención.
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