Se aislaron, identificaron y caracterizaron especies de <em>Trichoderma</em> spp. asociadas a plantas de <em>Pachycereus pringlei</em> y<em> Jatropha cinerea</em> como agentes de biocontrol hacia hongos fitopatógenos. Los agentes antagónicos se aislaron de seis sitios en Baja California Sur, México. La identificación se realizó en base a sus características morfológicas y se determinó; abundancia, frecuencia de ocurrencia y antagonismo<em> in vitro</em> hacia <em>F. oxysporum</em>, <em>F. solani</em>, <em>R. solani</em>, <em>C. gloeosporioides</em> y <em>A. alternata</em>. Se obtuvieron 18 aislamientos de <em>Trichoderma</em> concentrados en siete especies: <em>T. asperellum</em>,<em> T. atroviride</em>, <em>T. harzianum</em>,<em> T. koningii</em>, <em>T. viride</em>,<em> T. longibrachiatum</em> y <em>Trichoderma</em> sp. La prueba de Duncan (p<0.05) mostró diferencias significativas en la abundancia de las especies (UFC/g de suelo) y la frecuencia de ocurrencia. La mayor población se encontró en El Saltito, Los Encinos y Las Pocitas con UFC de 2.1, 1.8 y 0.7 × 103 g-1 de suelo respectivamente. En el antagonismo <em>in vitro</em>,<em> T. koningii</em> inhibió significativamente el crecimiento de los hongos fitopatógenos comparado con el control comercial. La actividad antifúngica de las diversas especies de <em>Trichoderma</em> spp. pueden ser una alternativa para el biocontrol de enfermedades ocasionadas por hongos fitopatógenos de las especies analizadas.
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