Epigenome modulation potentially provides a mechanism for organisms to adapt, within and between generations. However, neither the extent to which this occurs, nor the mechanisms involved are known. Here we investigate DNA methylation variation in Swedish Arabidopsis thaliana accessions grown at two different temperatures. Environmental effects were limited to transposons, where CHH methylation was found to increase with temperature. Genome-wide association studies (GWAS) revealed that the extensive CHH methylation variation was strongly associated with genetic variants in both cis and trans, including a major trans-association close to the DNA methyltransferase CMT2. Unlike CHH methylation, CpG gene body methylation (GBM) was not affected by growth temperature, but was instead correlated with the latitude of origin. Accessions from colder regions had higher levels of GBM for a significant fraction of the genome, and this was associated with increased transcription for the genes affected. GWAS revealed that this effect was largely due to trans-acting loci, many of which showed evidence of local adaptation.DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.05255.001

In the present study, 241 natural accessions of Arabidopsis thaliana were grown under two different temperature regimes, 16 °C and 6 °C, and growth parameters were recorded together with metabolite profiles to investigate the natural variation in metabolic responses and growth rates. Primary metabolism and growth rates of accessions significantly differed between accessions and both growth conditions. Relative growth rates showed high correlations to specific metabolite pools. Metabolic distances based on whole metabolite profiles were built from principal component centroids between both growth setups. Genomic prediction using ridge-regression best linear unbiased prediction (rrBLUP) revealed a significant prediction accuracy of metabolite profiles in both conditions and metabolic distances, which suggests a tight relationship between genome and primary metabolome. GWAS analysis revealed significantly associated SNPs for a number of metabolites, especially for fumarate metabolism at low temperature. A highly significant correlation was observed between metabolic distances and maximum temperature in the original growth habitat between January and March. Inverse data-driven modelling revealed that metabolic pathway regulation and metabolic reaction elasticities distinguish accessions originating from warm and cold growth habitats.

The majority of diploid organisms have polyploid ancestors. The evolutionary process of polyploidization (and subsequent re-diploidization) is poorly understood, but has frequently been conjectured to involve some form of “genome shock” — partly inspired by studies in crops, many of which are polyploid, and in which polyploidy has frequently been linked to dramatic genomic changes such as subgenome expression dominance and genome reorganization. It is unclear, however, whether domesticated polyploids are representative of natural ones. Here, we study polyploidization in Arabidopsis suecica (n = 13), a post-glacial allopolyploid species formed via hybridization of A. thaliana (n = 5) and A. arenosa (n = 8). We generated a chromosome-level genome assembly of A. suecica and complemented it with polymorphism and transcriptome data from multiple individuals of all species. Despite a divergence of ~6 Mya between the two ancestral species and appreciable differences in their genome composition, we see no evidence of a genome shock: the A. suecica genome is highly colinear with the ancestral genomes, there is no subgenome dominance in expression, and transposable element dynamics appear to be stable. We do, however, find strong evidence for changes suggesting gradual adaptation to polyploidy. In particular, the A. thaliana subgenome shows upregulation of meiosis-related genes, possibly in order to prevent aneuploidy and undesirable homeologous exchanges that are frequently observed in experimentally generated A. suecica, and the A. arenosa subgenome shows upregulation of cyto-nuclear related processes, possibly in response to the new cytoplasmic environment of A. suecica, with plastids maternally inherited from A. thaliana.

Podział kompetencji między jednostkami samorządu terytorialnego w zakresie planowania i zagospodarowania przestrzennegoPodział zadań planistycznych w zakresie zagospodarowania przestrzennego między jednostkami samorządu terytorialnego określa ustawa z dnia 27 marca 2003 r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym 2 . Zgodnie z art. 3 tej ustawy, do zadań własnych gminy należy kształtowanie i prowadzenie polityki przestrzennej na terenie gminy, w tym uchwalanie studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego oraz miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego (z wyjątkiem morskich wód wewnętrznych, morza terytorialnego i wyłącznej strefy ekonomicznej oraz terenów zamkniętych). Z kolei do zadań samorządu powiatowego należy prowadzenie, w granicach swojej właściwości rzeczowej, analiz i studiów z zakresu zagospodarowania przestrzennego, odnoszących się do obszaru powiatu i zagadnień jego rozwoju. Kształtowanie i prowadzenie polityki przestrzennej na obszarze związku metropolitalnego (obszarze metropolitalnym) należy do zadań związku metropolitalnego, jeżeli został utworzony. Natomiast w województwie politykę przestrzenną kształtuje i prowadzi samorząd województwa, do którego zadań należy uchwalanie planu zagospodarowania przestrzennego województwa. Polityka przestrzenna jest również wykonywana na szczeblu państwa -w jej ramach Rada Ministrów przyjmuje koncepcję przestrzennego zagospodarowania kraju. Przepisy art. 3 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym formułują zatem podstawy podziału zadań i kompetencji między poszczególne szczeble samorządu terytorialnego oraz administrację rządową. Wolą ustawodawcy wiodącą pozycję w systemie planowania przestrzennego zajmuje gmina. Kształtowanie i prowadzenie polityki przestrzennej należy do zadań (własnych) gminy i samorządu województwa oraz do zadań Rady Ministrów. Powiat nie jest podmiotem kształtowania i prowadzenia polityki przestrzennej, lecz może jedynie prowadzić analizy 1 Uniwersytet Śląski w Katowicach. 2 Ustawa z dnia 27 marca 2003 r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym, tekst jedn. Dz.U. z 2016 r. poz. 778, dalej w skrócie u.p.z.p. 3 Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r., Dz.U. Nr 78, poz. 483 ze zm. 4 Ustawa z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym, tekst jedn. Dz.U. z 2016 r. poz. 446 ze zm., dalej w skrócie u.s.g.; ustawa z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie powiatowym, tekst jedn. Dz.U. z 2016 r. poz. 814 ze zm., dalej w skrócie u.s.p.; ustawa z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie województwa, tekst jedn. Dz.U. z 2016 r. poz. 486, dalej w skrócie u.s.w. 5 Europejska Karta Samorządu Lokalnego, sporządzona w Strasburgu dnia 15 października 1985 r., Dz.U. z 1994 r. Nr 124, poz. 607 ze zm., dalej w skrócie EKSL.

No abstract

No abstract

Niemiecki model komunalnej skargi konstytucyjnej Słowa kluczowe: samorząd terytorialny, komunalna skarga konstytucyjna, ochrona samorządności