Objetivo: Identificar as principais alterações miofuncionais orofaciais dos pacientes que possuem microcefalia e descrever as hipóteses sindrômicas fonoaudiológicas predominantes. Métodos: Trata-se de um estudo retrospectivo, de corte transversal e de caráter descritivo. A amostra foi de 46 prontuários de crianças com microcefalia na faixa etária de zero a sete meses atendidas no Centro Especializado em Reabilitação de Maceió no ano de 2016, desconsiderando-se os prontuários que não possuíam diagnóstico etiológico definido de microcefalia ou não apresentaram dados avaliativos. Os dados foram tratados estatisticamente por meio do teste Qui-quadrado, com nível de significância menor ou igual a 5%. Resultados: Considerando-se a correlação entre estruturas orofaciais e reflexos orais; estruturas orofaciais e hipóteses diagnósticas fonoaudiológicas sindrômicas; reflexos orais e hipóteses diagnósticas fonoaudiológicas sindrômicas e estruturas orofaciais e tipo de alimentação, observou-se significância para as três primeiras correlações, o que se pode inferir que as alterações estruturais repercutem no desenvolvimento e funcionalidade do sistema estomatoglossognático. Conclusão: Percebe-se que as alterações miofuncionais orofaciais em crianças com microcefalia englobam alterações estruturais com predomínio do Distúrbio Miofuncional Orofacial e alterações dos reflexos orais; além destes, houve ocorrência simultânea de disfagia e Distúrbio Miofuncional Orofacial. O aleitamento materno exclusivo ocorreu apenas em crianças sem alterações das estruturas orofaciais.
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