Kabré supercomputer is a High Performance Computing (HPC) cluster that provides tools that are needed to execute specific projects. In this paper, we present the infrastructure of such supercomputer settled at Advanced Computing National Collaboratory (CNCA), how its structure is defined by user needs and some recommendations in order to enhance the use and development of an HPC cluster infrastructure for scientific research purposes. Palabras claveCluster; computación de alto rendimiento; computación paralela. ResumenLa supercomputadora Kabré es un clúster de computación de alto rendimiento (HPC) que proporciona las herramientas necesarias para ejecutar proyectos específicos. En este documento, presentamos la infraestructura de dicha supercomputadora establecida en Colaboratorio Nacional de Computación Avanzada (CNCA), cómo se define su estructura según las necesidades del usuario y algunas recomendaciones para mejorar el uso y el desarrollo de una infraestructura de clúster HPC para fines de investigación científica.
Los estudios ecológicos de las comunidades fúngicas se han visto favorecidos gracias a la aparición y mejora de técnicas independientes de cultivo que utilizan la región ITS como marcador molecular. Esto ha permitido una identificación más precisa en comparación con los métodos tradicionales dependientes de la cultura. Las técnicas de secuenciación de próxima generación han aumentado la cantidad de datos disponibles para la comprensión de las comunidades de hongos endofíticos. Una parte importante de este proceso es la inferencia filogenética para descifrar cómo se relacionan e interactúan los diferentes taxones, sin embargo, este puede convertirse en uno de los análisis bioinformáticos que exige más tiempo. En respuesta a esto, la bioinformática junto con la informática de alto rendimiento ofrecen soluciones para acelerar y hacer más eficientes las herramientas disponibles para el procesamiento de datos a través de la implementación de supercomputadoras y la paralelización de herramientas. En este estudio llevamos a cabo el procesamiento de secuencias ITS para luego utilizar la paralelización de Exabayes, software especializado en el análisis y creación de árboles filogenéticos. Gracias al uso de esta técnica, fue posible reducir el tiempo de ejecución de Exabayes de más de 400 horas a 6 horas, lo que demuestra los beneficios del uso de plataformas informáticas de alto rendimiento.
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