The present study determined nuclear and mitochondrial (mtDNA) levels of genetic variability and phylogeographic patterns in breeding populations of Roseate Spoonbill (N = 57), Wood Stork (N = 89), and Jabiru Stork (N = 30), sampled in the Brazilian Pantanal. These species were selected since they are bioindicators of wetlands' health and are threatened in other parts of their distribution. As they are in close association with this ecosystem, they are appropriate for studying the effects of Pleistocene climatic changes on their demographic patterns. Levels of nuclear genetic diversity in Pantanal populations were not significantly different from those of other populations throughout the American continent, where they are considered threatened or of special concern. Reduced levels of mtDNA genetic diversity were observed in the Central American population of Jabiru Stork in comparison to the Pantanal population. Recent demographic expansion in the Pantanal was markedly evidenced by unimodal patterns of mismatch distribution and Fu's Fs neutrality test in these three species. We hypothesize that the average time of population expansion (between 30,843 and 14,233 years before present) is associated to responses of these birds' populations to paleoclimatic changes in these wetlands during the last glaciation period. We recommend special conservation efforts with the Jabiru Stork populations, a genetic monitoring program based on mtDNA, and an ecological characterization of these waterbirds species throughout their distribution range.Keywords: waterbirds, Pantanal, populations, genetic variability. Diversidade genética e evidências de expansão demográfica recente nas populações de aves aquáticas do Pantanal brasileiroResumo O presente estudo determinou níveis de variabilidade nuclear e mitocondrial (DNAmit) e padrões filogeográficos de populações reprodutivas de colhereiro (N = 57), cabeça-seca (N = 89) e tuiuiú (N = 30) do Pantanal brasileiro. Estas espécies foram selecionadas porque são bioindicadoras da integridade das áreas alagáveis e se encontram ameaça-das em outras partes da sua área de distribuição. Devido à sua estreita associação com esse tipo de ecossistema, seu estudo permite verificar os efeitos das mudanças climáticas do Pleistoceno nos seus padrões demográficos. Níveis de diversidade genética nuclear nas populações pantaneiras não diferiram significativamente dos encontrados em outras populações ao longo do continente americano onde são consideradas ameaçadas ou como de especial interesse para conservação. Níveis reduzidos de variabilidade genética DNAmit foram observados nas populações de tuiuiú da América Central, quando comparadas às populações do Pantanal. A expansão demográfica recente das três espécies no Pantanal ficou marcadamente evidenciada pelos padrões unimodais da distribuição das diferenças pareadas e pelo teste de neutralidade de Fs de Fu. Hipotetizamos que o tempo médio de expansão populacional (entre 30.843 e 14.233 anos antes do presente) está associado as respostas destas p...