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Small farm producers’ sustenance depends on their alpaca herds and the production of fiber. Genetic improvement of fiber characteristics would increase their economic benefits and quality of life. The incorporation of molecular marker technology could overcome current limitations for the implementation of genetic improvement programs. Hence, the aim of this project was the generation of an alpaca single nucleotide polymorphism (SNP) microarray. A sample of 150 Huacaya alpacas from four farms, two each in Puno and Cerro de Pasco were used for SNP discovery by genotyping by sequencing (GBS). Reduced representation libraries, two per animal, were produced after DNA digestion with ApeK1 and double digestion with Pst1-Msp1. Ten alpaca genomes, sequenced at depths between 12× to 30×, and the VicPac3.1 reference genome were used for read alignments. Bioinformatics analysis discovered 76,508 SNPs included in the microarray. Candidate genes SNPs (302) for fiber quality and color are also included. The microarray SNPs cover 90.5% of the genome length with a density of about 39 ± 2.51 SNPs/Mb of DNA at an average interval of 26.45 ± 18.57 kbp. The performance was evaluated by genotyping 30 family trios and comparing them to their pedigrees, as well as comparing microarray to GBS genotypes. Concordance values of 0.93 and 0.94 for ApeK1 and Pst1-Msp1 generated SNPs were observed. Similarly, 290 fiber quality and color candidate gene SNPs were validated. Availability of this microarray will facilitate genome-wide association studies, marker-assisted selection and, in time, genomic selection.

El objetivo fue identificar y predecir la ubicación de polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) en genes relacionados al crecimiento de la fibra. Se realizó el estudio con un total de 31 genes de queratina (KRT9, KRT12, KRT13, KRT14, KRT16, KRT18, KRT20, KRT25, KRT1, KRT3, KRT5, KRT6a, KRT6b, KRT6c, KRT7, KRT8, KRT71, KRT80, KRT31, KRT32, KIRT40, KRT81, KRT82, KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT79 y KRT83) asociados con las características de lana, fibra y pelo en ovinos, cabras y humanos respectivamente, cuyas secuencias fueron encontradas en la base de datos del National Center for Biotechnology Information (NCBI). Mediante el uso de bases de datos y herramientas bioinformáticas como el Conserved Domains Database, Spling, y MegaBlast se logró ubicar secuencias únicas para cada gen. Estas secuencias fueron comparadas con los genomas de referencia Vicugna_pacos-2.0.2 y Vi_pacos_V1.0. Se identificaron 48 PNSs ubicados en las regiones intrónicas y exónicas de 22 genes. No se localizaron PNSs en o alrededor de los genes KRT10, KRT15, KRT17, KRT19, KRT2, KRT4, KRT6b, KRT6c y KRT79. El análisis comparativo entre las cuatro especies estudiadas permitió observar que los genes KRT81, KRT6b y KRT6c no están presentes en los genomas de referencia de alpaca, los genes KRT31, KRT14, KRT81, KRT83, KRT6b y KRT6c no están presentes en el genoma de referencia de ovino y los genes KRT31, KRT13, KRT81, KRT83, KRT6b y KRT6c no están presentes en el genoma de referencia de cabra.

El objetivo de esta investigación fue determinar la tendencia genética y fenotípica de la producción de leche (PL) de vacas Holstein de un establo del valle de Huaura, Perú. Se evaluaron 2.590 hembras (vacas y terneras) para el cálculo de los valores genéticos estimados (VGE) y 2.862 lactaciones estandarizadas a 305 días y dos ordeños diarios, del primer al quinto parto de 1.892 vacas del periodo 1999-2017, mediante un modelo animal de medidas repetidas. Con el software ASReml, se estimó una heredabilidad (h2) de 0,16 (error estándar 0,03) y una repetibilidad (r) de 0,28 (0,025). Las tendencias se estimaron mediante regresión lineal usando el paquete estadístico SAS v.9.4. Los VGE para la PL de las vacas y terneras tienen una media de +200,9 (16,1) kg y +148,7 (9,7) kg, respectivamente, con más del 70 % de valores positivos. La tendencia genética para PL de las hembras fue -2,4 (2,1) kg/año. Se estimó una tendencia fenotípica para PL de +294,3 (24,9) kg/año. Se concluye que la tendencia fenotípica es favorable debido a mejoras en aspectos no genéticos, ya que la h2 indica que la PL está influenciada principalmente por el ambiente y, en menor medida, por la varianza genética aditiva del carácter. La tendencia genética para la PL de hembras fue negativa. Sin embargo, los VGE para PL de las hembras vivas sugieren que a futuro, el establo puede incrementar la tendencia genética para PL.

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