This study examined the cladoceran assemblages in three oxbow lakes of the Taquari River floodplain, near the transition between the plateau and the plain. We sought to answer the following questions: does the Taquari River function as a geographical barrier or dispersal corridor for Cladocera? Can different degrees of connection induce different structures in the assemblages in each lake? Cladocerans and limnological variables were sampled every other month for one year. Forty-one species were recorded, four of which were common to all the lakes. Our results indicated that the different degrees of connection between the river and the oxbow lakes favoured environmental heterogeneity and diversification in the cladoceran assemblages. The greatest dissimilarity between the two lakes connected with the river indicates that in this case the river functions better as a barrier than a dispersal corridor.Keywords: Cladocera, diversity, dispersal, floodplain, oxbow lakes. Qual a influência do rio Taquari nas assembleias de Cladocera em três lagoas marginais? ResumoAssembleias de cladóceros foram avaliadas em três lagoas marginais ao rio Taquari, próximo à transição entre planalto e planície. As seguintes questões foram investigadas: O rio Taquari funciona como barreira ou corredor de dispersão para Cladocera? O grau de conexão induz a diferentes estruturas nas assembleias de cada lagoa? Cladocera e variáveis limnológicas foram amostradas a cada dois dias durante um ano. Foram registradas 41 espécies, apenas 4 comuns em todas as lagoas. Nossos resultados apontam que diferentes graus de conexão entre rio e lagoas favorecem a heterogeneidade ambiental e a diversificação das assembleias de cladóceros. A maior dissimilaridade entre as duas lagoas conectadas com o rio indica que, neste caso, o rio funciona melhor como barreira do que como corredor de dispersão.Palavras chave: Cladocera, diversidade, dispersão, planície de inundação, lagoas marginais.