O nome popular "anileira" designa Indigofera anil L., I. suffruticosa Mill. e I. truxillensis Kunth, muito semelhantes quanto à morfologia externa. Este trabalho teve por objetivo avaliar se caracteres da semente e plântula apresentavam valor diagnóstico para este grupo, já que tais caracteres têm sido muito utilizados na Taxonomia de Leguminosae. A superfície e morfoanatomia de sementes e cotilédones foram estudadas por microscopias eletrônica de varredura e de luz, e as etapas do desenvolvimento das plântulas descritas. Embora as plântulas sejam semelhantes, caracteres de sementes (tamanho, forma, ornamentação da superfície, forma do hilo e tamanho do embrião) e cotilédones (forma, organização do parênquima lacunoso na nervura central e distribuição de metabólitos nos tecidos) apresentaram valor diagnóstico para as espécies. I. anil distingue-se de I. suffruticosa por suas sementes maiores e cotilédones com borda acuminada. I. truxillensis caracteriza-se por apresentar sementes cilíndricas e cotilédones reniformes contendo gotas de óleo e alcalóides. Nossos dados, a morfologia externa dos frutos (curvos em I. anil e I. suffruticosa, e retos em I. truxillensis) e, ainda, a anatomia foliar (células parenquimáticas grandes e fenólicas no floema de I. suffruticosa e sua ausência em I. anil) sugerem que I. anil, I. suffruticosa e I. truxillensis não devem ser sinonimizadas.
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