A caracterização limnológica e da ictiofauna em uma enseada e no canal principal do Rio das Mortes na sua região de planície de inundação foi feita com o intuito de comparar estes ambientes e indicar os possíveis fatores ambientais que influenciam as comunidades de peixes em cada um deles. Foi observada uma diferença significativa entre enseada e canal do rio em relação às variáveis transparência da água, que se apresentou maior na enseada, e velocidade da água, maior no canal. A diversidade de espécies também foi diferente entre os ambientes, com um valor significativamente maior na enseada. Nas duas localidades os maiores valores de riqueza e diversidade de espécies ocorreram durante o período de seca e os de densidade relativa (CPUE) durante a enchente. Em relação à abundância os ambientes foram mais semelhantes durante os períodos de cheia, quando também foi observada uma similaridade maior entre eles em relação às variáveis limnológicas. Isso ocorre devido à homogeneização da água e da estrutura dos hábitats em função da inundação. Os resultados indicam que o pulso de inundação, associado à velocidade da água, foi a principal força que influenciou a estrutura da ictiofauna nos ambientes amostrados.
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