Many plant species of great economic value (e.g., potato, wheat, cotton, and sugarcane) are polyploids. Despite the essential roles of autopolyploid plants in human activities, our genetic understanding of these species is still poor. Recent progress in instrumentation and biochemical manipulation has led to the accumulation of an incredible amount of genomic data. In this study, we demonstrate for the first time a successful genetic analysis in a highly polyploid genome (sugarcane) by the quantitative analysis of single-nucleotide polymorphism (SNP) allelic dosage and the application of a new data analysis framework. This study provides a better understanding of autopolyploid genomic structure and is a sound basis for genetic studies. The proposed methods can be employed to analyse the genome of any autopolyploid and will permit the future development of high-quality genetic maps to assist in the assembly of reference genome sequences for polyploid species.

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RESUMO Na presente revisão taxonômica foram reconhecidas 12 espécies: M. floridum, M. goudoti, M. gracile, M. hatschbachii, M. myrianthum, M. nyctitans, M. obovatum, M. ovalifolium, M. ruddianum, M. saraense, M. scleroxylon e M. tortipes. Não foram reconhecidos táxons infra-específicos para M. nyctitans que teve sua circunscrição modificada. Foi proposto um nome novo, M. ruddianum, para M. floridum var. parviflorum. Foram também reconhecidos novos sinônimos para M. myrianthum e M. nyctitans e designado um epitipo para esta última espécie. As espécies da seção apresentam uma distribuição disjunta, com algumas espécies ocorrendo principalmente na Região Sudeste do Brasil e outras em países da região Amazônica e da América Central.

Most species of the genus Lychnophora Mart. are endemic to the Brazilian "campos rupestres" of Minas Gerais, Bahia and Goiás, with high degree of endemism in many species. There is disagreement between different authors regarding delimitation of the species and, consequently, the amount of species (from 11 to 68). This interpretation difference leads to sinonimization and the transference of several species to closely related genera. The cytotaxonomic study of species of Lychnophora was made aiming at increase of knowledge of chromosome characteristics that could be useful to the understanding of the taxonomy of the group as a whole. Chromosome numbers of about eighteen species were determined, with 2n=34, 36 or 38. These chromosome numbers were distributed among species of four sections of Lychnophora, so they can't be used as distinctive characters for intergeneric and infrageneric levels below section level. However, chromosome numbers were very important for the differentiation of some species of Lychnophora, whose taxonomic limits have been questioned. Other karyotype characters were analysed in three species of the subtribe, like chromosome size and morphology, showing constancy of these characters. The chromosomes are small, with 1.0 to 2.58µm, and they are mainly metacentric, however some submetacentrics were observed.

Urvillea chacoensis is a climber with 2n = 22 and some terminal AT-rich heterochromatin blocks that differentiate it from other species of the genus. The AT-rich highly repeated satellite DNA was isolated from U. chacoensis by the digestion of total nuclear DNA with HindIII and XbaI and cloned in Escherichia coli. Satellite DNA structure and chromosomal distribution were investigated. DNA sequencing revealed that the repeat length of satDNA ranges between 721 and 728 bp, the percentage of AT-base pairs was about 72-73% and the studied clones showed an identity of 92.5-95.9%. Although this monomer has a tetranucleosomal size, direct imperfect repetitions of ~180 bp subdividing it in four nucleosomal subregions were observed. The results obtained with FISH indicate that this monomer usually appears distributed in the terminal regions of most chromosomes and is associated to heterochromatin blocks observed after DAPI staining. These observations are discussed in relation to the satellite DNA evolution and compared with other features observed in several plant groups.

Study citotaxonomic of Hymenaea clade using chromossomes number, Multivariate Analyses and Molecular phylogenetics.

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A família Solanaceae é caracterizada por agrupar espécies com características cariotípicas conservadas a nível genérico. O número cromossômico constante e cariótipos geralmente simétricos compostos por cromossomos metacêntricos têm sido observados em muitos trabalhos para o grupo. Apesar dessa uniformidade, o tamanho do genoma apresenta uma maior diversidade e varia independentemente do número cromossômico. Nesse sentido, esse trabalho objetivou determinar a quantidade de DNA nuclear em 15 espécies pertencentes a cinco gêneros da família Solanaceae com número cromossômico já conhecido (todas no nível 2x, variando de 2n=16 a 2n=24, exceto Physalis pubescens L., com 2n=4x=48), no intuito de se compreender melhor a evolução cariotípica no grupo. As análises foram realizadas através da maceração de folhas jovens das espécies de interesse juntamente com uma porção do mesmo tecido da espécie Pisum sativum “Ctirad”, utilizado como padrão de referência. O tampão LB01 foi utilizado para a dissociação celular e extração dos núcleos das amostras. As suspensões celulares foram coradas com iodeto de propídeo e as medidas foram realizadas para cada espécie, em três indivíduos com três repetições cada, no citômetro de fluxo BD FACs Calibur. Para a comparação dos dados observados, foi realizada uma análise de variância simples (ANOVA), seguida de teste de Tuckey, através do softwere Infostat. De acordo com as análises estatísticas, o tamanho do genoma apresenta diferenças significativas entre as espécies estudadas, variando cerca de oito vezes, de 2C= 2.6 pg (Solanum flaccidum Vell.) a 2C= 20.3 pg (Cestrum laevigatum Schltdl.). De acordo com os resultados obtidos, as espécies foram separadas em três grupos: genomas muito pequenos (1C<1,4 pg), pequenos (1,4<1C<3.5 pg) e intermediários (3,51<1C<13,99 pg). A maioria das espécies possui genomas considerados pequenos. Existem dois principais fatores associados a variações no tamanho de genoma em plantas, eventos de poliploidia e incremento ou deleção de porções repetitivas do DNA (principalmente elementos transponíveis). Em Solanaceae, existem poucos grupos com relatos de poliploidia, assim provavelmente, a variação observada no tamanho do genoma, bem como a evolução cariotípica, pode estar associada aos elementos repetitvos.