We investigated unusual carbapenemase-producing Enterobacter cloacae complex isolates (n = 8) in the novel sequence type (ST) 873, which caused nosocomial infections in 2 hospitals in France. Whole-genome sequence typing showed the 1-year persistence of the epidemic strain, which harbored a blaVIM-4 ST1-IncHI2 plasmid, in 1 health institution and 2 closely related strains harboring blaCTX-M-15 in the other. These isolates formed a new subgroup in the E. hormaechei metacluster, according to their hsp60 sequences and phylogenomic analysis. The average nucleotide identities, specific biochemical properties, and pangenomic and functional investigations of isolates suggested isolates of a novel species that had acquired genes associated with adhesion and mobility. The emergence of this novel Enterobacter phylogenetic lineage within hospitals should be closely monitored because of its ability to persist and spread.

No abstract

Introduction A new respiratory virus, SARS-CoV-2, has emerged and spread worldwide since late 2019. This study aims at analysing clinical presentation on admission and the determinants associated with admission in intensive care units (ICUs) in hospitalized COVID-19 patients. Patients and methods In this prospective hospital-based study, socio-demographic, clinical and biological characteristics, on admission, of adult COVID-19 hospitalized patients presenting from the community for their first admission were prospectively collected and analysed. Characteristics of patients hospitalized in medical ward to those admitted in ICU were compared using Mann-Whitney and Chi-square or Fisher exact test when appropriate. Univariate logistic regression was first used to identify variables on admission that were associated with the outcome i.e. admission to an ICU versus total hospital stay in a medical ward. Forward selection was then applied beginning with sex, age and temperature in the multivariable logistic regression model. Results Of the 412 patients included, 325 were discharged and 87 died in hospital. Multivariable regression showed increasing odds of ICU hospitalization with temperature (OR, 1.56 [95% CI, 1.06–2.28] per degree Celsius increase), oxygen saturation <90% (OR, 12.45 [95% CI, 5.27–29.4]), abnormal lung auscultation on admission (OR, 3.58 [95% CI, 1.58–8.11]), elevated level of CRP (OR, 2.7 [95% CI, 1.29–5.66for CRP>100mg/L vs CRP<10mg/L). and monocytopenia (OR, 3.28 [95% CI, 1.4–7.68]) were also associated with increasing odds of ICU hospitalization. Older patients were less likely to be hospitalized in ICU (OR, 0.17 [95%CI, 0.05–0.51]. Conclusions Age and delay between onset of symptoms and hospital admission were associated with the risk of hospitalisation in ICU. Age being a fixed variable, interventions that shorten this delay would improve the prognosis of Covid-19 patients.

No abstract

Introduction Dans le cadre de la pandémie mondiale au SARS-CoV-2, les personnels de santé (PS) sont professionnellement exposés à ce virus. Dans ce contexte, cette étude présente les données de surveillance de 5704 travailleurs exposés au SARS-CoV-2 d’un centre hospitalier du 17 mars au 20 avril 2020. Matériels et méthodes Les PS symptomatiques, les cas contacts et ceux présentant une forte anxiété ont été testés. Le diagnostic de COVID-19 a été réalisé par RT-PCR après prélèvement nasopharyngé. Résultats Au cours de cette période, 30,4 % (1735/5704) des PS ont bénéficié de 3057 écouvillons nasaux. Parmi ceux-ci, 8,0 % (138/1735) étaient infectés par le SRAS-CoV-2. Parmi les PS positifs au SARS-CoV-2, 21,7 % étaient asymptomatiques. Dans les unités COVID et les unités non COVID, le nombre de personnes infectées par le SARS-CoV-2 était respectivement de 5,8 % (13/223) et 8,2 % (125/1512) ( p = 0,2). Parmi les PS travaillant hors des unités COVID, 6,4 % (12/188) des agents des unités pédiatriques et 8,1 % (126/1547) des agents des unités adultes ou des laboratoires étaient positifs au SARS-CoV-2 ( p = 0,4). Parmi les PS des unités adultes, 6,4 % (8/125) provenaient de la médecine interne, 5,6 % (7/125) de la neurologie, 5,6 % (7/125) de la pharmacie et 5,6 % (7/125) du service médical d’urgence. Parmi les personnes atteintes du SARS-CoV2, les infirmières, les internes/médecins et les aides-soignants étaient les catégories professionnelles les plus touchées avec respectivement 30,0 % (40/138), 21,0 % (29/138) et 10,9 % (15/138). Parmi les médecins, la majorité étaient des internes (70,0 % ; 20/29). Les travailleurs de plus de 50 ans étaient moins susceptibles d’être positifs au SARS-CoV-2 (3,8 % ; 14/373) que les autres travailleurs plus jeunes (9,1 % ; 124/1362) ( p < 0,001). Aucun cas grave de COVID-19 n’a été signalé dans notre population au cours de cette période. Conclusion Parmi les PS positifs détectés, 21,7 % (25/115) étaient asymptomatiques. Ces données soulignent l’importance du dépistage systématique des cas contacts même asymptomatiques et de l’utilisation d’équipements de protection individuelle (EPI) pour éviter la transmission. Le pourcentage des cas positifs diminuait à mesure que l’âge augmentait, en particulier après l’âge de 45 ans. Les personnels de plus de 45 ans, étant plus expérimentées et se sentant plus à risque, ont pu être mieux protégées ou affectées à des services moins à risque ou confinés à domicile. Les PS travaillant dans des unités COVID-19 n’étaient pas plus souvent infectés que ceux travaillant dans des unités non COVID-19, probablement parce qu’ils étaient plus conscients des dangers et des risques associés au SARS-CoV-2, qu’ils disposaient de plus d’équipements de protection individuelle, qu’ils les portaient de manière plus stricte et qu’ils étaient mieux informés et formés.

No abstract