Basidiomycete yeasts have recently been reported as stably associated secondary fungal symbionts (SFSs) of many lichens, but their role in the symbiosis remains unknown. Attempts to sequence their genomes have been hampered both by the inability to culture them and their low abundance in the lichen thallus alongside two dominant eukaryotes (an ascomycete fungus and chlorophyte alga). Using the lichen Alectoria sarmentosa, we selectively dissolved the cortex layer in which SFSs are embedded to enrich yeast cell abundance and sequenced DNA from the resulting slurries as well as bulk lichen thallus. In addition to yielding a near-complete genome of the filamentous ascomycete using both methods, metagenomes from cortex slurries yielded a 36- to 84-fold increase in coverage and near-complete genomes for two basidiomycete species, members of the classes Cystobasidiomycetes and Tremellomycetes. The ascomycete possesses the largest gene repertoire of the three. It is enriched in proteases often associated with pathogenicity and harbours the majority of predicted secondary metabolite clusters. The basidiomycete genomes possess ∼35% fewer predicted genes than the ascomycete and have reduced secretomes even compared to close relatives, while exhibiting signs of nutrient limitation and scavenging. Furthermore, both basidiomycetes are enriched in genes coding for enzymes producing secreted acidic polysaccharides, representing a potential contribution to the shared extracellular matrix. All three fungi retain genes involved in dimorphic switching, despite the ascomycete not being known to possess a yeast stage. The basidiomycete genomes are an important new resource for exploration of lifestyle and function in fungal-fungal interactions in lichen symbioses.

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<span>Los bosques húmedos tropicales son ecosistemas que acumulan una alta biodiversidad y alto endemismo, principalmente en la ecorregión del Chocó biogeográfico. La vegetación en esta zona ha sido poco estudiada, sobre todo para el grupo de las epífitas. De esta forma, el objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad y composición de estas plantas (vasculares y no vasculares) en una zona de transición entre bosque húmedo tropical y bosque seco tropical en el Chocó biogeográfico. Se muestrearon 43 árboles con abundante cobertura de epífitas: las no vasculares fueron muestreadas hasta los 2 m de altura, mientras que las vasculares a lo largo de todo el forófito. Los datos se agruparon en seis zonas a lo largo de la vía, siendo la zona 1 la más cercana al Pacífico (bosque húmedo tropical) y la zona 6 la más cercana al enclave subxerofítico del río Dagua (bosque seco tropical); también se agruparon dependiendo de la exposición a la luz en tres micrositios: abiertos, semi abiertos y cerrados. Se recolectaron 485 ejemplares de epífitas no vasculares pertenecientes a 77 especies de líquenes, cinco de hepáticas y ocho de musgos, para un total de 90 especies. Por otro lado, se registraron 5 987 individuos pertenecientes a 24 especies de epífitas vasculares, siendo la familia Bromeliaceae la más rica en especies (seis especies), seguida de Gesneriaceae, Orchidaceae y Polypodiaceae (cuatro especies). Se encontraron 25 nuevos registros de líquenes para Colombia, 26 para el Chocó biogeográfico, también 11 nuevos registros de epífitas vasculares para Chocó biogeográfico. La riqueza y diversidad de las comunidades de no vasculares fueron afectadas por la zona y el micrositio donde estaban los árboles, mientras que en las comunidades de vasculares, fueron afectadas por la zona a lo largo de la carretera.</span>

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