DNA is one of the fastest growing tools in forensic sciences, increasing reliability in forensic reports and judgments. The use of DNA has increased in different areas of the forensic sciences, such as investigation of plant species, where plastid DNA has been used to elucidate and generate evidence in cases of traceability of genetically modified and controlled plants. Even with several advances and the practice of using DNA in forensic investigations, there are just few studies related to the identification of genetic tools for the characterization of drug and nondrug‐types of Cannabis. Herein, the whole plastomes of two drug‐type Cannabis are presented and have their structures compared with other Cannabis plastomes deposited in the GenBank, focusing in the forensic use of plastome sequences. The plastomes of Cannabis sativa “Brazuka” and of the hybrid Cannabis AK Royal Automatic presented general structure that does not differs from the reported for other C. sativa cultivars. A phylogenomic analyses grouped C. sativa “Brazuka” with the nondrug C. sativa cultivars, while the hybrid Cannabis AK Royal Automatic placed isolated, basal to this group. This suggests that the analysis of plastomes is useful toward genetic identification of hybrids in relation to C. sativa.
Invasive plant species are expected to display high dispersal capacity but low levels of genetic diversity due to the founder effect occurring at each invasion episode. Understanding the history of invasions and the levels of genetic diversity of such species is an important task for planning management and monitoring strategy for these events. Peruvian Peppertree (Schinus molle L.) is a pioneer tree species native from South America which was introduced in North America, Europe and Africa, becoming a threat to these non-native habitats. In this study, we report the discovery and characterization of 17 plastidial (ptSSR) and seven nuclear (nSSR) markers for S. molle based on low-coverage whole-genome sequencing data acquired through next-generation sequencing. The markers were tested in 56 individuals from two natural populations sampled in the Brazilian Caatinga and Pampa biomes. All loci are moderately to highly polymorphic and revealed to be suitable for genetic monitoring of new invasions, for understanding the history of old invasions, as well as for genetic studies of native populations in their natural occurrence range and of orchards established with commercial purposes.
Introdução: A nogueira-pecã (Carya illinoinensis) pertence à família Juglandaceae, e tem distribuição natural predominante nas regiões temperadas do Hemisfério Norte. O interesse pelos seus frutos tem apresentado um crescimento exponencial no Brasil e outros países, especialmente por seu alto valor nutricional. Além disso, é uma opção de renda para agricultores familiares, devido ao seu potencial de uso em monocultivo, integrada a outros sistemas de cultivo ou em áreas de reserva legal, principalmente no sul do Brasil. Devido à carência de informações genéticas e em decorrência da falta de controle de polinização e de registro de coleta de propágulos nos pomares, os materiais genéticos em cultivo, geralmente, não têm procedência completamente conhecida. Nesse sentido, a caracterização genética a partir de marcadores moleculares pode solucionar esse problema, identificando e distinguindo cultivares e propiciando, as bases para o planejamento de um eventual programa de melhoramento genético da espécie. Objetivos: O presente trabalho objetivou prospectar e validar in silico marcadores moleculares microssatélites plastidiais da nogueira-pecã a partir do genoma do cloroplasto da cultivar Imperial, sequenciado e caracterizado por nosso grupo. Material e métodos: A prospecção de microssatélites e o desenho de iniciadores foi realizada com auxílio do software SSRLocator. A validação in silico dos loci microssatélite prospectados foi realizada com o software SPCR, através da amplificação virtual no genoma plastidial de cinco diferentes cultivares de nogueira pecã (Imperial, Pawnee, Lakota e MX87) disponíveis no GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Resultados: Foram prospectados 12 loci no genoma plastidial da cultivar Imperial (seis dímeros, quatro trímeros e dois tetrâmeros). Após a validação in silico, que avalia se os iniciadores amplificam produtos únicos dentro do tamanho esperado de acordo com os dados provenientes da prospecção, 10 loci foram considerados ótimos e aptos a serem sintetizados para teste. Esses 10 loci apresentaram produtos amplificados in silico em todas as cultivares testadas. Esses marcadores possuem potencial emprego em análises de diversidade genética, na identificação de cultivares e para inciativas visando o melhoramento dessa espécie. Conclusão: Este é o primeiro estudo de desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites plastidiais espécie-específico para C. illinoinensis com potencial aplicabilidade para gerar informações a respeito da diversidade genética entre as cultivares da espécie.
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