The characterization and selection of molecular markers are important for genetic pre-breeding programs since they make it possible to choose the most appropriate markers to be used in future research. Therefore, enabling the generation of subsidies for genetic-molecular studies in algabora (Prosopis juliflora (Sw.) DC). The amplification profile was characterized. It was generated from 17 pairs of RGA primers (Resistance Gene Analogs) in 20 samples of genomic DNA of P. juliflora extracted from specimens collected in the city of Itapetinga, Bahia. The amplifications were performed according to previously published laboratory routines and the amplification profiles analyzed from the photodocumentation of the electrophoresis results in 2% agarose gels. Based on the amplification profiles the primer pairs were classified as: Suitable: amplifications in the whole samples and with easy visualization; Reasonable: amplification in parts of the samples and/or difficult to visualize or Inadequate: absence of visible amplification products. Descriptive analyzes associated with the number of generated markers, percentage of polymorphism, expected heterozygosity (He) and the content of polymorphic information (PIC) were also performed. In a nutshell, 12 out of the 17 pairs of RGA primers generated amplification products with easy visualization and only two of these 12 pairs of primers were monomorphic. The percentage of polymorphism varied from 60% to 100%, He and PIC presented an average of 0.21 (ranging from 0 to 0.38) and 0.17 (ranging from 0 to 0.29), respectively. The results confirm that the RGA primers present adequate characteristics for genetic studies in P. juliflora, making it possible to prioritize 12 pairs of primers, which are subject to genetic improvement studies.
RESUMOAs formigas cortadeiras (Atta e Acromymex) se destacam tanto como praga agrícola, como pelo potencial modificador de ambientes naturais e antropizados. Considerando a importância ecológica e econômica das formigas cortadeiras, estudos genético-moleculares têm sido realizados com vistas ao entendimento da diversidade e estrutura genética das suas populações. Visando contribuir para o avanço de estudos genéticos para Atta sexdens, espécie de mais ampla distribuição do gênero e considerada como principal praga agrícola, objetivou-se comparar a eficiência de seis protocolos de extração de DNA, bem como, testar o uso de diferentes partes do corpo da formiga para a obtenção de DNA genômico para essa espécie. Os resultados revelam que três protocolos (P1, P4 e P5) foram mais eficientes para a extração de DNA genômico. Além disso, verificou-se a influência da utilização de diferentes partes do corpo da formiga na obtenção de DNA genômico, sendo os tratamentos 'Mesossoma, Pernas e Gáster' e 'Corpo Inteiro', aqueles que possibilitaram a obtenção de maior quantidade e qualidade de DNA. Este estudo comprova a eficiência de três protocolos de extração dentre os seis que foram testados para A. sexdens, podendo-se utilizar o Corpo Inteiro da formiga, retirando apenas o Gáster para a maceração, caso o destino do material extraído seja para estudos com marcadores moleculares dominantes. PALAVRAS-CHAVE: Formiga cortadeira, genética molecular, inseto social. COMPARISON OF PROTOCOLS FOR THE EXTRACTION OF GENOMIC DNA OF THE SPECIES Atta sexdens (HYMENOPTERA: FORMICIDAE)ABSTRACT Leaf-cutting ants (Atta and Acromymex) stand out as both agricultural plague and their potential modifier of natural and anthropized environments. Considering the ecological and economic importance of leaf-cutting ants, genetic-molecular studies
Com o intuito de gerar subsídios para realização de estudos genéticos em formiga cortadeira (especificamente Atta sexdens), caracterizou-se o padrão de amplificação de DNA gerado por primers ISSR. Para tanto, operárias médias de A. sexdens tiveram DNA genômico extraído utilizando a cabeça, mesossoma e pernas. Os padrões de amplificação foram analisados em géis de agarose 2%. Dentre os 23 primers ISSR testados 17 geraram produtos de amplificação (sendo 12 destes primers classificados como “tipo ideal” e cinco como “tipo razoável”). O percentual de polimorfismo variou entre 20% (primer TriAGA3’RC) e 100% (primer DiCA3’YG). Os resultados atestam que os primers ISSR selecionados apresentam um grau de polimorfismo considerável e, portanto, são adequados para estudos de diversidade genética em formigas cortadeiras, especialmente para A. sexdens.
A flor de seda, como é popularmente conhecida a espécie Calotropis procera [Ait. R. Br.] é uma planta que possui entre as suas propriedades químicas diversas funcionalidades, podendo ser utilizada como complemento alimentar animal, na medicina tradicional, na indústria cosmética e têxtil, bem como alternativa no combate à pragas e doenças agrícolas. A despeito destes potenciais, são escassos estudos relacionados à diversidade desta espécie, inexistindo, estudos genéticos e moleculares que subsidiem ações de conservação e, ou, melhoramento genético. Considerando que a extração de ácidos nucleicos, em especial de DNA, é a base para diversos estudos genético-moleculares, objetivou-se comparar a eficiência de sete protocolos de extração de DNA genômico previamente descritos na literatura para outras espécies. Foram utilizadas três amostras foliares por protocolo (sendo adotado o uso de duplicatas para cada amostra), sendo estas amostras coletadas na área de campo experimental da Universidade Estadual do Sudoeste da Bahia, Itapetinga, Bahia. Após as etapas de extração (definidas em cada um dos sete protocolos considerados), foram avaliadas a qualidade e quantidade de DNA obtido, tendo como base o resultado de eletroforeses com gel de agarose a 1%, a leitura espectrofotométrica realizada através do BioDrop µLITE e teste de amplificação com uso de iniciador ISSR. Análises comparativas entre as imagens obtidas a partir das eletroforeses, bem como estatística descritiva (médias e desvios) das estimativas espectrométricas e os padrões de amplificação com uso de iniciador ISSR, atestam para diferença na eficiência dos protocolos, sendo possível indicar quatro destes protocolos (a saber: P1, P2, P4 e P5) como mais eficientes para extração do DNA genômico de Calotropis procera.
Objetivou-se comparar a eficiência entre sete protocolos adaptados para a extração de DNA genômico da espécie Prosopis juliflora (Sw). DC. Os protocolos utilizados tiveram como base em seus tampões: SDS 10%; CTAB 5%; Sorbitol, CTAB 3% e Sorbitol; SDS 0,7% e NaCl; CTAB 2%; CTAB 2% e NaCl 1,4M. Em todos os testes, eliminou-se o uso de β-mercaptoetanol, nitrogênio líquido, proteinase K e RNAses. As amostras consistiram de primórdios folhiares de cada espécime em triplicata. A quantidade e a qualidade do DNA extraído foram avaliadas através de eletroforese em gel de agarose a 1% e da leitura das absorbâncias em espectrofotômetro. Para as reações de amplificação, utilizou o iniciador ISSR. Entre os tampões de extração testados, os de SDS 10%, de CTAB 5% e de CTAB 3% e Sorbitol foram os mais eficientes para P. juliflora. Desses três protocolos, o CTAB 3% e Sorbitol apresentou melhor nível de pureza apesar da menor quantidade de DNA (123 ng/µL) se comparado aos tampõs de SDS 10% e de CTAB 5% (312 e 321 ng/µL, respectivamente, e com alto teor de contaminantes). Conclui-se que é possível o uso de protocolos de extração sem aditivos nocivos à saúde e com menor custo no processo de extração.
Sodom apple is a plant species adapted to various ecosystems and has stood out for its economic and ecological importance. We evaluated the amplification profile of 23 ISSR primers and selected polymorphic loci for genetic studies of a natural population of Calotropis procera by collecting and extracting genomic DNA from 33 individuals. Genomic DNA was extracted using the sorbitol protocol and 2% CTAB and the ISSR amplification products were resolved by electrophoresis. Based on the amplification profile, the 23 primers were classified as suitable, moderate, and unsuitable. We described the quality of primers considering the total number of bands, mean bands per primer, percentage of polymorphism, Nei’s genetic diversity (expected heterozygosity – He), assuming Hardy-Weinberg equilibrium and the polymorphic information content (PIC). All ISSR primers showed an amplification profile, which generated 173 bands with an average of 7.5 loci per primer. However, only 18 out of the 23 tested primers allowed visible and high-quality amplification, which were classified as suitable and polymorphic. We also observed a mean of 0.30 and 0.24 for PIC and He estimates, respectively. The DiCA3`RG, TriAGA3`RC, and TriCGC3`RC primers were highly transferable to C. procera (they presented quality for amplification with good reproducibility), with PIC values higher than 0.40, He higher than 0.30, and polymorphism higher than 86%.
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