The microbial composition of different types,in ecosystems (including agro-ecosystems), has been investigated in a rapidly growing number of studies in the past few years. The importance of microorganisms, regarding the maintenance and stability of nutrients in agroecosystems, is a key to maintain the sustainability of a crop. Molecular tools to study microbial communities are possible through many methods such as RISA, DGGE, TGGE, clone libraries, T-RFLP, RAPD, SSCP and more recently NGS (Next-Generation Sequencing). DGGE is widely employed to characterize the diversity and the community dynamics of microorganisms in the environment

In this study, we assessed the diversity of Gram-negative bacteria found in water used for irrigation of rice crops in two growing areas of southern Brazil. Samples were collected from the main irrigation channel and field drain area. Twenty-two bacterial species were found in Cachoeirinha and 28 in Camaquã. In both areas, the most frequent bacterial families were Enterobacteriaceae and Aeromonadaceae. Differences in microbial diversity were observed in both study areas. Thirty-five Gram-negative species were identified; however, only 15 were common in both locations. In addition, there were found pathogenic and drug-resistant species, such as Acinetobacter sp., Brucella spp., and Chryseobacterium meningosepticum. This study demonstrates the existence of a number of pathogenic species in aquatic ecosystems analyzed in three consecutive crop years, especially water used for rice production.

Introdução: O transplante de córneas é o principal tratamento para pessoas que apresentam distúrbios de curvatura ou transparência da córnea. No Brasil, não há protocolo unificado para meios de preservação, tempo de armazenamento e antibióticos utilizados. A preocupação é a de que patógenos possam ser transferidos aos receptores de transplantes. Objetivo: Realizar o levantamento da microbiota ocular de doadores de córneas a fim de verificar uma possível correlação com infecções em receptores e, dessa forma, auxiliar na melhoria de metodologias e protocolos de armazenamento de córneas. Método: Foi conduzido a partir de revisão da literatura, nas bases de dados PubMed, SciELO e nos portais: periódicos da CAPES, Anvisa, Ministério da Saúde e ABTO, entre 2018 e 2020. Resultados: Estudos baseados em cultivo de microrganismos trazem Staphylococcus coagulase negativa (SCN) de 30% a 100% das amostras isoladas de conjuntivas. Em menor quantidade estão Streptococcus, Corynebacterium e Propionibacterium. Bactérias Gramnegativas aparecem em número inferior, representadas pelos gêneros Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus e Acinetobacter. Já as técnicas independentes de cultivo trazem Pseudomonas como a principal colonizadora da conjuntiva. Também apresentam uma diversidade maior de colonizadores, mostrando um potencial campo de estudos, no qual a superfície ocular pode ter uma diversidade muito maior de espécies e potenciais agentes patogênicos. Os principais meios de preservação utilizados no Brasil levam os antimicrobianos gentamicina e estreptomicina em sua composição, porém estudos têm mostrado que as bactérias presentes nos meios de preservação são resistentes a esses antibióticos. Conclusões: Os dados apontam para a necessidade de reavaliação da eficiência desses meios de preservação na descontaminação das córneas para transplante.