O aumento das ações antrópicas vem provocando alterações nos ambientes aquáticos, afetando a biota desses locais, entre elas os Chironomidae. Estes organismos constituem um grupo amplamente distribuído, colonizando uma grande variedade de substratos, principalmente acúmulos de folhiço e pedras. Este trabalho teve como objetivos: analisar a influência do tipo de substrato sobre a estrutura da assembleia de Chironomidae; e verificar se as variáveis limnológicas variam entre os riachos considerados naturais e agrícolas. Foram selecionados quatro riachos (<3ª ordem), na região Alto Uruguai - RS, definidos como riachos naturais e agrícolas. As coletas foram realizadas em substrato pedregoso e substrato folhoso utilizando um amostrador do tipo Surber (malha 250 μm e área de 0,09 m2). Foram mensurados em cada ponto de coleta, variáveis limnológicas. Apenas a temperatura da água, condutividade elétrica e sólidos totais dissolvidos diferiram entre os riachos. Foram coletadas 798 larvas de Chironomidae, pertencentes a 39 gêneros. A abundância e riqueza diferiram entre os substratos, porém, não diferiram entre os tipos de riachos (naturais e agrícolas). Corynoneura foi o gênero mais abundante nos riachos naturais e substrato contendo folhas. Polypedilum o mais abundante, nos riachos agrícolas em ambos os substratos. Assim, o tipo de substrato influência a estrutura e composição de Chironomidae. É importante manter preservada a vegetação ripária no entorno dos riachos, pois o acúmulo de folhiço em riachos de áreas de florestadass parecem ser o hábitat preferencialmente ocupado por larvas de Chironomidae, além de manter a qualidade da água.
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