Os quelônios são animais de vida longa e poucos dos seus indivíduos chegam à fase adulta. Além da baixa taxa natural de recrutamento, diversas ações antrópicas vêm dificultando a manutenção das populações desse grupo. A exploração desordenada para abastecer o comércio ilegal vem se mostrando a mais danosa, principalmente em Podocnemis expansa, por ser uma espécie bastante apreciada na culinária amazônica, e muito vulnerável no período reprodutivo, época de maior captura. Seu histórico de exploração causou desequilíbrio populacional em diversas localidades na Amazônia, como pôde ser verificado durante as quase três décadas de monitoramento em importantes sítios de desova em unidades de conservação do rio Araguaia. O presente estudo desenvolveu marcadores moleculares com o objetivo de testá-los e compará-los com primers já utilizados, além de avaliar a diversidade genética e a estruturação populacional de P. expansa na bacia Tocantins-Araguaia. Para isso, foi coletado tecido cutâneo de 120 espécimes amostrados em três localidades no médio e submédio rio Araguaia, comparados com sequências do DNA mitocondrial de 22 localidades. A região controle do DNA mitocondrial de P. expansa é de difícil amplificação, sendo que o par de primers de outros estudos não amplificou com o material biológico utilizado neste trabalho, mostrando a eficiência do marcador molecular confeccionado. A utilização desses primers facilitará a amostragem em campo, pois, apesar de o tecido cutâneo conferir menor quantidade de DNA extraído quando comparado ao tecido sanguíneo, sua coleta como material biológico pode ser aplicada de forma mais simples, ampla e frequente em projetos de pesquisa e programas de monitoramento e manejo de quelônios, facilitando as pesquisas genéticas com esses animais. Quanto à avaliação genética, foi caracterizada panmixia na bacia Tocantins-Araguaia e baixa diversidade genética, concordando com dados da espécie. Caso as estratégias de conservação não sejam eficientes para reverterem um provável processo de deriva genética, poderão ocorrer prejuízos populacionais significativos, notadamente quanto às questões adaptativas da espécie.
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