About 10% of Finnish Ayrshire cows produce noncoagulating milk, i.e., milk that does not form a curd in a standard 30-min testing time and is thus a poor raw material for cheese dairies. This phenomenon is associated with peak and midlactation, but some cows produce noncoagulating milk persistently. A genomewide scan under a selective DNA pooling method was carried out to locate genomic regions associated with the noncoagulation of milk. On the basis of the hypothesis of the same historical mutation, we pooled the data across sires. Before testing pools for homogeneity, allele intensities were corrected for PCR artifacts, i.e., shadow bands and differential amplification. Results indicating association were verified using daughter design and selective genotyping within families. Data consisted of 18 sire families with 477 genotyped daughters in total, i.e., 12% of each tail of the milk coagulation ability. Data were analyzed using interval mapping under maximum-likelihood and nonparametric methods. BMS1126 on chromosome 2 and BMS1355 on chromosome 18 were associated with noncoagulation of milk across families on an experimentwise 0.1% significance level. By scanning gene databases, we found two potential candidate genes: LOC538897, a nonspecific serine/threonine kinase on chromosome 2, and SIAT4B, a sialyltransferase catalyzing the last step of glycosylation of k-casein on chromosome 18. Further studies to determine the role of the candidates in the noncoagulation of milk are clearly needed.
Suomen ayrshirelehmistä 10 % tuottaa maitoa, joka ei juoksetu lainkaan standarditestillä mitattuna. Tällainen maito ei saostu lainkaan juoksetteen lisäyksen jälkeen ja on siten huonoa raaka-ainetta juustomeijereille. Meijeriteknologiset keinot juoksettumattomien maitojen juoksettumiskyvyn palauttamiseksi ovat rajalliset. Myöskään lypsylehmien ruokinnalla ja hoidolla ei pystytä vaikuttamaan maidon juoksettumattomuuteen. Helsingin yliopiston kotieläintieteen laitoksella aiemmin tehtyjen tutkimusten mukaan juoksettumattomuus johtuukin pitkälti geneettisistä tekijöistä. Tämän tutkimushankkeen päätavoitteena oli maidon juoksettumattomuuteen vaikuttavien geenien kartoittaminen. Maidon juoksettumattomuutta (non-coagulating, NC) aiheuttavia kromosomialueita paikannettiin sekä hienokartoitettiin ayrshirellä. Kartoituksessa käytettiin mikrosatelliittimerkkejä. Merkkien kokonaislukumäärä karkeakartoitusvaiheessa oli 194. Merkkien keskimääräinen tiheys oli noin 15 cM ja suurimmat etäisyydet olivat noin 30 - 40 cM. Kromosomit valittiin yksittäisgenotyyppaukseen ja kytkentäanalyyseihin karkeakartoituksen tulosten perusteella. Se tehtiin yhdistämällä eri yksilöiden DNA-näytteitä DNA-seoksiksi. Yli aineiston muodostettiin kaksi DNA-seosta: juoksettumatonta maitoa tuottavien eläinten DNA-seos (NC-pooli) ja erittäin hyvin juoksettuvaa maitoa tuottavien eläinten DNA-seos (E-pooli). Jatkoon valikoitui 16 DNA-merkkiä 11 kromosomista (kromosomit 2, 4, 5, 13, 15, 16, 18, 19, 21, 24 ja 27). Yksittäisgenotyyppaukseen valittiin 40 DNA-merkkiä, siten että kromosomialuetta kohti oli kolme merkkiä. Merkkien keskinäinen etäisyys oli 2 -18 cM. Mukana genotyyppauksessa oli 18 perhettä ja aineistokoko oli vajaa 500 lehmää. Aineistosta löytyi useita sekä juoksettumiskyvyn ns. kvantitatiivisen ominaisuuden lokuksia (QTL:iä) että juoksettumattomuuteen vaikuttavia lokuksia. Suurimman uskottavuuden -menetelmällä löytyi vähemmän QTL:liä kuin parametrittomalla menetelmällä. Yli perheiden analysoituna kromosomin 18 tulos saavutti tutkimuskohtaisen 0,1 %:n merkitsevyystason. Kromosomissa 2 yksikään perhe ei saavuttanut parametrittomalla menetelmällä tutkimuskohtaista 10 %:n merkitsevyystasoa, vaikka useilla perheillä oli selvä maksimi samoissa kohdissa. Sen sijaan yli perheiden tulos saavutti tutkimuskohtaisen 0,1 %:n merkitsevyystason.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.