El intercambio ecológico y la viabilidad de la biodiversidad de Costa Rica se ven amenazados por ladegradación y la fragmentación del bosque. Esta investigación pretende proponer una herramienta paraidentificar el posible impacto de las actividades pecuarias sobre áreas de conservación del Caribe. Para ello, serealizó la extracción de ADN de las heces de 14 jaguares (Panthera onca) y 13 pumas (Puma concolor) de vidalibre mediante el kit Fujifilm, Fuji. Estas fueron identificadas previamente por individuo y especie, mediantemétodos moleculares. Luego, se cuantificaron 16 genes de resistencias a los antimicrobianos (ARGs) (tetA,tetB, tetC, tetK, tetM, tetQ, tetS, tetW y tetY, catI, catII, sulI, sulII, qnrS, vanA y mecA) mediante qPCR. Lacaracterización de los sitios de muestreo se hizo mediante QGIS y ArGIS, al emplear datos geoespacialesde la región y el censo de SENASA 2014. De los 14 ARGs hallados, 9.3 % tenían una resistencia baja, 16 %intermedia y 13.9 % alta. Los genes tetQ (85.2 %) y tetY (70.3 %) fueron los más frecuentes, mientras que tetS(11.1 %) fue el menos usual. Las sulfonamidas (sulI y sulII) (70.3 % cada uno), fenicoles (catII y catI) (18.5 %y 52 %, respectivamente) y quinolonas (qnrS) (11 %) presentaron valores representativos. No se identificarongenes de vancomicina (vanA) ni meticilina (mecA). Los jaguares tuvieron más número de ARGs (37 %). ElParque Nacional Braulio Carrillo fue el área donde se encontraron las más altas concentraciones de tet, suly cat. El gen qnrS se identificó, principalmente, fuera de áreas protegidas. De acuerdo con el análisis integralde los datos, el impacto pecuario podría influir sobre la presencia y concentración de ARGs.