Исследована фауна гельминтов пищеварительного тракта Perca fluviatilis (Perciformes) водоемов национального парка «Самарская Лука» (Россия) в период 1990-2016 гг. В начале 1990-х гг. у P. fluviatilis зарегистрировано девять видов кишечных гельминтов. Жизненные циклы 78% из них были связаны с организмами зоопланктона. Обнаружены корреляционные связи между зараженностью рыб отдельными видами гельминтов и численностью организмов зоопланктона. К 2012-2016 гг. доля паразитов, ассоциированных с зоопланктоном, уменьшилась до 67%. Из состава гельминтов, обнаруженных у P. fluviatilis в период 1990-1992 гг., к настоящему времени сохранилось семь видов. С 1996 г. обнаружено 12 новых паразитов, в том числе два чужеродных. Установлена двукратная смена вида-доминанта в 1990-х гг. В настоящее время к исторически сложившемуся набору факторов добавился новый. Это вселение, натурализация и включение чужеродных видов гидробионтов в трофические цепи ихтиоценоза и паразитарные системы исследованных водных объектов. Состав гельминтов окуня адекватно отображает особенности экологии хозяина и изменения, произошедшие в водоемах за 30-летний период времени. Определены тенденции структурно-функциональной перестройки экосистемы, обусловленной вселением чужеродных видов и сопряженной с этим коррекцией трофических связей рыб. Прогнозируется изменение стратегии поведения рыб, наращивание численности и более активное участие видов-вселенцев (рыбы, моллюски, паразиты) в трофических цепях водоемов национального парка «Самарская Лука», связанных с водохранилищем, расширение круга потребителей/хозяев чужеродных паразитов.