ОСНОВНЫЕ ТЕНДЕНЦИИ В ФОРМИРОВАНИИ ПОЧВЕННОГО МИКРОБНОГО СООБЩЕСТВА В УСЛОВИЯХ СТАЦИОНАРНОГО ПОЛЕВОГО ОПЫТА ПО ДАННЫМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ БИБЛИОТЕК ГЕНА 16s-РРНК

Думова, В. А.; Pershina, Elizaveta; Мерзлякова, Я. В.; Круглов, Ю. В.; Андронов, Е. Е.

doi:10.15389/agrobiology.2013.5.85rus

Cited by 2 publications

(2 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…Указанные нормативные документы, потребность в которых очень велика, будут использоваться фитосанитарными лабораториями, осуществляющими свою деятельность в области фитосанитарного контроля. Учитывая региональные особенности почвенно-климатических и агротехнических условий и биоразнообразие изолятов (43)(44)(45), мы полагаем, что типовые штаммы из зарубежных коллекций микроорганизмов (при их доступности) подходят для этих целей в меньшей степени. Отметим, что ранее масштабного изучения бактериального состава в зерновых культурах в России не проводили, в связи с чем отсутствует информация о видовом составе бактерий, которые могут находиться вместе в одном образце.…”

Section: частота встречаемости видов и родов бактерий в образцах зерн...unclassified

“…Бактерии выделили из проростков яровых культур (рожь) и из зеленых растений озимых культур в фазу выходя в трубку, что могло повлиять на число клеток некоторых видов бактерий в растениях по соотношению с другими и косвенно -на состав полученных штаммов (4,5,13). Штаммы выделяли на чашках Петри с учетом разнообразия морфотипов, что достаточно субъективно и в любом случае не позволяет учитывать некультивируемые микроорганизмы (45). Однако это не противоречит задачам, которые мы поставили перед собой при выполнении работы -выделить изоляты для формирования коллекции значимых для экспорта бактериальных фитопатогенов и сопутствующей им микробиоты.…”

Section: частота встречаемости видов и родов бактерий в образцах зерн...unclassified

See 1 more Smart Citation

Выявление Значимых Для Экспорта Зерна Возбудителей Бактериозов И Комплекса Сопутствующих Микроорганизмов В Посевах Зерновых Культур (На Примере Тимирязевской Полевой Опытной Станции)

СЛОВАРЕВА¹

2023

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

Согласно данным официальной статистики, в России ежегодно производится около 130 млн т продукции зерновых колосовых культур. В Едином Перечне карантинных объектов Евразийского экономического союза находится возбудитель желтого слизистого бактериоза пшеницы Rathayibacter tritici. Указанный вид подлежит выявлению при импорте и, при наличии требований импортера, при экспорте пшеницы. В связи с необходимостью регулирования в карантинных фитосанитарных лабораториях для Rathayibacter tritici имеется диагностическая методика. Для других возбудителей бактериозов зерновых культур, таких как Rathayibacter rathayi, Pseudomonas fuscovaginae, Pseudomonas cichorii, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas syringae, Acidovorax avenae, Erwinia rhapontici, Xanthomonas translucens, Clavibacter tessellarius и других, диагностические методики отсутствуют, поэтому обнаружения в практике работы диагностических фитосанитарных лабораторий не зафиксированы. Перечисленные виды регулируются странами-импортерами, закупающими в России более половины всей предназначенной для экспорта зерновой продукции. Бактериозы представляют серьезную угрозу производству зерна, а причиняемый ими возможный ущерб урожаю оценивается в 10-40 %. Бактерии могут вызывать вспышки заболеваний или находиться в растениях в скрытой форме в зависимости от условий окружающей среды и почти никогда не вызывают симптомов на зерне. В связи с этим обнаружить возбудителей бактериозов можно только в лаборатории, используя метод посева на питательные среды, проведение которого зачастую занимает неделю и более. Достоверная идентификация каждого вида бактерий, колонии которых получены в результате посева, возможна только с использованием молекулярных методов. Требуется разработка ПЦР-тестов, позволяющих проводить идентификацию целевых бактерий напрямую в образцах, не применяя культуральный метод, что существенно упростит и ускорит процедуру подтверждения соответствия состояния партий российского зерна требованиям импортеров. Разработка молекулярных методов диагностики возбудителей бактериозов зерновых культур возможна только после изучения их видового состава в растениях и зерне, при этом в вегетирующих растениях разнообразие живых бактерий существенно выше, чем в зерне. Информация о видовом составе бактерий на зерновых культурах позволит с применением геномного анализа обнаружить видоспецифичные ПЦР-мишени и разработать диагностические ПЦР-тесты для быстрой идентификации особо опасных и значимых для экспорта зерна видов бактерий. Ранее масштабного изучения бактериального состава в зерновых культурах не проводили, в связи с чем список бактерий, которые могут находиться вместе в одном образце, отсутствует. Отсутствует и полный перечень всех бактерий, которые можно встретить в зерновых культурах. В то же время для биоинформатического предсказания видоспецифичной ПЦР-мишени необходимо знать все виды, которые можно встретить в анализируемом образце, от которых следует отличать целевой вид. Состав бактериальной микробиоты может различаться в зависимости от культуры и сорта, поэтому максима...

show abstract

Section: частота встречаемости видов и родов бактерий в образцах зерн...unclassified

Выявление Значимых Для Экспорта Зерна Возбудителей Бактериозов И Комплекса Сопутствующих Микроорганизмов В Посевах Зерновых Культур (На Примере Тимирязевской Полевой Опытной Станции)

СЛОВАРЕВА¹

2023

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Effect of Biologized Manure From Chickens Kept in Cages on the Pathogenic Microflora of Sod-Podzolic Soil

Schukin¹,

Sobolev²

2023

Adaptive Fodder Production

View full text Add to dashboard Cite

Sequencing of the metagenomes of soil samples showed that as a result of the introduction of a litter fermented with probiotics by bacteria, the phylogenetic composition of the soil microbiome was preserved, but its taxonomic structure and functionality changed due to an increase in the total number of microbiome bacteria (with different taxon activity). The experiment used a dose of biologized fresh chicken droppings — 120 t/ha, introduced by spreading for plowing, control — without organic matter. In the arable horizon of fertilized soil, an increase in the total abundance of bacteria was noted: in the 1st sampling period — from 6.9 * 107 to 1.3 * 108 copies/g of the soil of the 16S rRNA gene of bacteria, and after 30 days — from 1.6 * 107 to 1.3 * 108 copies/g. In order to ensure the environmental safety of the use of biologized litter for the environment, the presence of pathogenic and conditionally pathogenic microflora in fertilized soil and in the control was investigated, representatives of which were found in all soil samples: a higher proportion of enterobacteria was noted in the control sample (0.6%), and with litter — did not exceed 0.15%; the content of pathogenic bacteria on the fertilized background in the 1st period of soil sampling practically did not change (0.7–0.8%), but in the 2nd it sharply decreased in relation to the control (from 2.5 to 1.1%). Such a decrease in the content of pathogenic bacteria was accompanied by an increase in their numerical abundance (from 3.9 * 105 to 1.4 * 106 copies/g), mainly Pseudomonas sp. bacteria (from 2.1 * 105 to 9.3 * 105 copies/g), which is a consequence of the general increase in the abundance of bacteria in the microbiome against the background of soil enrichment with organic matter and increased soil fertility. At this stage of research, no significant negative microbiological effect of biologized fresh chicken manure on the ecological state of the soil was revealed.

show abstract

Cited by 2 publications

References 0 publications

Effect of Biologized Manure From Chickens Kept in Cages on the Pathogenic Microflora of Sod-Podzolic Soil

Contact Info

Product

Resources

About