Определение мутаций генаBCR-ABLпри хроническом миелолейкозе с использованием биочипа

Abstract

A biochip-based method was developed to identify the BCR-ABL mutations that affect the thyrosine kinase domain and determine resistance to targeted therapy with thyrosine kinase inhibitors. The method is based on RT-PCR followed by allele-specific hybridization on a biochip with immobilized oligonucleotide probes. The biochip addresses 11 mutations, which are responsible for up to 85% of imatinib resistance cases. A method to decect the clinically significant mutation T315I was designed on the basis of LNA-clamped PCR and proved highly sensitive, detecting the mutation in clinical samples with a leukemic cell content of 5% or higher. The method was validated using clinical samples from chronic myeloid leukemia (CML) patients with acquired resistance to imatinib. The results of hybridization on biochip were verified by Sanger sequencing.

Using the Minor Variant Finder software to identify and quantify the allelic burden level of somatic mutations in oncohematologic diseases

“…Кро ме этого, соматические мутации могут обусловливать резистентность к определенному типу лечения. На пример, основными причинами резистентности у па циентов с хроническим миелоидным лейкозом (ХМЛ) являются точечные соматические мутации в киназном домене (KD) химерного онкогена BCR-ABL, которые могут изменять структуру KD и ухудшать связывание с препаратом [2]. Перечень таких мутаций очень раз нообразен, и они могут встречаться на протяженном участке ABL в составе онкогена BCR-ABL.…”

“…Для ам плификации участка гена JAK2 использовали прайме ры, заимствованные из статьи [17]. Амплификацию химерного транскрипта BCR-ABL (p210) с последую щей вложенной ПЦР для амплификации KD химер ного транскрипта BCR-ABL проводили с использова нием праймеров, заимствованых из статьи [2]. ПЦР выполняли на приборе CFX96 (BioRad, США).…”