Επιδημιολογία και μοριακός χαρακτηρισμός των ιών του γένους begomovirus που προσβάλλουν την τομάτα στην Κύπρο και την Ελλάδα

Abstract

Ευρετιριο Εικόνων και Πινάκων ΚΕΦΑΛΑΙΟ 1. Βιβλιογραφικι αναςκόπθςθ 1.1. Αςκζνεια του κίτρινου καρουλιάςματοσ των φφλλων τθσ τομάτασ (Tomato yellow leaf curl disease, TYLCD) 1.2. Ιοί που ςχετίηονται με τθν αςκζνεια TYLCD 1.10.9. Υιοκζτθςθ ολοκλθρωμζνων προγραμμάτων παραγωγισ 1.11. Δομι και ςτόχοι τθσ εργαςίασ ΚΕΦΑΛΑΙΟ 2. Ανάπτυξθ διαγνωςτικισ τεχνικισ για τθν ταυτόχρονθ ανίχνευςθ και διάκριςθ των TYLCV και TYLCSV με τθν TaqMan PCR 2.1. Περίλθψθ 2.2. Ειςαγωγι 2.3. Υλικά και Μζκοδοι 2.3.1. Αντιδραςτιρια 2.3.2. Απομονϊςεισ ιϊν που χρθςιμοποιικθκαν 2.3.3. Προετοιμαςία των δειγμάτων για τισ μοριακζσ δοκιμζσ ανίχνευςθσ 2.3.3.1. Απομόνωςθ ολικοφ DNA 2.3.3.2. Αποτφπωςθ φυτικοφ εκχυλίςματοσ ςε νάιλον μεμβράνεσ 2.3.3.3. Χριςθ αραιωμζνου φυτικοφ εκχυλίςματοσ ωσ εκμαγείου 2.3.4. Σχεδιαςμόσ εκκινθτϊν και μοριακϊν ανιχνευτϊν TaqMan για τθν ανίχνευςθ και το διαχωριςμό του TYLCV και του TYLCSV 2.3.5. Βελτιςτοποίθςθ τθσ ανίχνευςθσ των TYLCV και TYLCSV με τθν TaqMan PCR 2.3.6. Σφγκριςθ ευαιςκθςίασ μεταξφ δθμοςιευμζνων τεχνικϊν ςυμβατικισ PCR και τθσ πολλαπλισ TaqMan PCR 2.3.7 Ανίχνευςθ των TYLCV και TYLCSV ςε ενιλικα άτομα του B. tabaci 2.4. Αποτελζςματα 2.4.1. Βελτιςτοποίθςθ τθσ δοκιμισ TaqMan PCR για τθν ταυτόχρονθ ανίχνευςθ των TYLCV και TYLCSV 2.4.2. Εξειδίκευςθ τθσ αντίδραςθσ 2.4.3. Σφγκριςθ τθσ ευαιςκθςίασ ανίχνευςθσ μεταξφ TaqMan και ςυμβατικισ PCR 2.4.4. Εναλλακτικζσ μζκοδοι χειριςμοφ των φυτικϊν δειγμάτων 2.4.5. Ανίχνευςθ των TYLCV και TYLCSV ςε ενιλικα άτομα του B. tabaci 2.5. Συηιτθςθ ΚΕΦΑΛΑΙΟ 3. Μοριακόσ χαρακτθριςμόσ των ιών του γζνουσ Begomovirus από τθν Κφπρο και τθν Ελλάδα 3.1. Περίλθψθ 3.2. Ειςαγωγι 3.3. Υλικά και Μζκοδοι 3.3.1. Αντιδραςτιρια 3.3.2. Δειγματολθψίεσ φυτϊν μολυςμζνων με ιοφσ του γζνουσ Begomovirus 3.3.3. Προετοιμαςία των δειγμάτων 3.3.4. Σχεδιαςμόσ διαγνωςτικϊν εργαλείων για τθ μοριακι ταυτοποίθςθ των ςτελεχϊν TYLCV-IL και TYLCV-MLD 3.3.4.1. Ενίςχυςθ τμιματοσ του γονιδιϊματοσ του TYLCV με τθ ςυμβατικι PCR και ανάλυςθ πολυμορφιςμοφ ςε μικθ περιοριςτικϊν κραυςμάτων (RFLP) με τθ χριςθ περιοριςτικϊν ενδονουκλεαςϊν