Lauter, dessen wissenschaftlicher Mitarbeiter er war, gehörte Salaquarda zu den Mitbegründern der Nietzsche-Studien, des nach wie vor wichtigsten deutschsprachigen Publikationsorgans der Nietzsche-Forschung, und war von 1972 bis 1976 (Bd. 1 bis 5) deren erster Redakteur. Danach blieb er als Autor, Rezensent und Diskussionsleiter für das Jahrbuch aktiv. Als Professor für Philosophie, Religionsphilosophie und Religionskritik an der Universität Wien (seit 1989) wurde er 1994 Mitherausgeber der Nietzsche-Studien und war von 1995 bis 1999 (Bd. 24 bis 28) deren geschäftsführender Herausgeber. In dieser Zeit war er auch Mitherausgeber der Monographien und Texte zur Nietzsche-Forschung (MTNF).
Der von Giorgio Colli und Mazzino Montinari herausgegebenen Kritischen Ausgabe derWerke und Briefe Nietzsches maß Salaquarda grundlegende Bedeutung für die Nietzscheforschung bei. Erst durch sie sei die Basis für eine historisch-philologische Nietzsche-Lektüre geschaffen und der Nachlass "in seiner authentischen Gestalt" zugänglich gemacht worden (Salaquarda 1980a, 14). Daraus hätten sich grundlegende Veränderungen in der Nietzscheforschung ergeben: "von den plakativen zu differenzierten Thesen; von der Alternative ‚Philosoph oder Künstler' zur These vom ‚Philosophen sui generis'; von der mehr essayistischen zur stärker historisch-philologisch abgesicherten Interpretation" (ebd, 15). Mit seiner programmatischen Aufforderung, Nietzsche "mit allen Mitteln der historisch-kritischen Gelehrsamkeit zu lesen", habe Montinari "eine ganze Forschergeneration geprägt" (Salaquarda 1996a, 377). Salaquarda selbst war im Rahmen der Nachberichtsbände der Nietzsche-Briefwechselausgabe als Mitbetreuer beteiligt.Als eine seiner Hauptaufgaben betrachtete Salaquarda die Rehabilitierung Nietzsches nach dessen ideologischer Vereinnahmung durch die Nationalsozialisten. So sollte seine