Viral infection in community-acquired pneumonia: a systematic review and meta-analysis

Abstract

The advent of PCR has improved the identification of viruses in patients with communityacquired pneumonia (CAP). Several studies have used PCR to establish the importance of viruses in the aetiology of CAP.We performed a systematic review and meta-analysis of the studies that reported the proportion of viral infection detected via PCR in patients with CAP. We excluded studies with paediatric populations. The primary outcome was the proportion of patients with viral infection. The secondary outcome was short-term mortality.Our review included 31 studies. Most obtained PCR via nasopharyngeal or oropharyngeal swab. The pooled proportion of patients with viral infection was 24.5% (95% CI 21.5-27.5%). In studies that obtained lower respiratory samples in >50% of patients, the proportion was 44.2% (95% CI 35.1-53.3%). The odds of death were higher in patients with dual bacterial and viral infection (OR 2.1, 95% CI 1.32-3.31).Viral infection is present in a high proportion of patients with CAP. The true proportion of viral infection is probably underestimated because of negative test results from nasopharyngeal or oropharyngeal swab PCR. There is increased mortality in patients with dual bacterial and viral infection. @ERSpublications Viral infection is present in a high proportion of patients with community-acquired pneumonia

Parallel pathogens in the upper and lower respiratory tracts in children with a respiratory tract infection, as revealed by the Filmarray assay

“…[13][14][15][16][17][18] Few studies have investigated the spectrum of pathogens in the respiratory tract from the same individual. In this study, the Filmarray has been used to demonstrate that the spectrum of pathogen was similar between upper and lower respiratory tract of patients with an RTI, which agreed with other studies.…”

“…1 Rhinovirus (RV), Mycoplasma pneumonia (MP), adenovirus (ADV), and parainfluenza virus (PIV) were reported to be detected commonly in RTIs. [13][14][15][16] However, some pathogens, such as influenza A virus, were detected more frequently in NPS than in BALF. 6 Immunoassays provide faster diagnosis for pathogens but suffer from poor specificity of the antigen-antibody reactions.…”

“…Lin et al / Frontiers in Laboratory Medicine 1 (2017)[11][12][13][14][15] Lin et al / Frontiers in Laboratory Medicine 1 (2017)[11][12][13][14][15] …”

Etiología viral en la neumonía adquirida en la comunidad

“…Dentro de los factores modificables que pueden reducir esta mortalidad esta el elaborar terapias antimicrobianas empíricas adecuadas, las que solo pueden ser desarrolladas con información local que explore la etiología de la NAC, por esto que el artículo que publica el Dr. Saldías y colaboradores en el presente número es clave ya que aplicando técnicas moleculares de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real, demostraron un aumento significativo en el rendimiento diagnostico y que este aumento fue principalmente a expensas de la identificación de material genético de origen viral 2 . Este hallazgo ha sido ratificado en diversas latitudes: por ejemplo Burk y colaboradores publicaron un metaanalisis que incluyó 31 artículos sobre etiología viral de la NAC y que contabilizó un total de 10.762 pacientes 3 , y que tomados en conjunto, los virus contribuyeron en un 24,5% (95% CI 21,5-27,5%) a la etiología de la NAC y cuando se incluyeron estudios que preferentemente recolectaron muestras de las vía respiratorias inferiores su frecuencia llegó hasta el 44,2% (95% CI 35,1-53,3%). Pero ¿cuál es la relevancia de estos hallazgos y de qué manera pueden influir en la toma de decisiones en el manejo de la NAC?…”

“…La evidencia es poco clara, por un lado diversos estudios han señalado una reducción en los días de estancia hospitalaria 4 , pero en contraste esos mismos estudios no pudieron demostrar una reducción en la prescripción de antibióticos, ni en la duración de los tratamientos de modo que el beneficio final queda en duda; 2) ¿La identificación de un agente viral en la NAC tiene significado pronóstico? La mayoría de los estudios no han demostrado que la NAC de origen viral tenga un impacto significativo en la mortalidad, incluso si solo se analiza el subgrupo de NAC grave que requieren su ingreso a la Unidad de Cuidados Intensivos 3,5 . No obstante, una importante proporción de las NAC de origen viral son en realidad coinfecciones que en adulto va entre un 4% hasta un 30% de las series publicadas 6 .…”