Variation of the Bacterial Communities in the Rhizosphere of Three Species of the Genus Tagetes (Marigold) Over Time

Abstract

López-López et al.: Variation of the bacterial communities in the rhizosphere of three species of the genus Tagetes (marigold) over time - Abstract. In the present study, the molecular profiles of rhizospheric bacterial communities of Tagetes terniflora, T. remotiflora and T. coronopifolia were analyzed at different times using soil samples under greenhouse conditions. To this end, samples spanning were obtained at 3, 30, 60 and 90 days. Metagenomic DNA was extracted and the 16S rDNA genes were amplified by PCR-touchdown to reduces the formation of spurious by-products. The amplified fragments were run through Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) to obtain their molecular profiles. Shannon's index showed a decline of bacterial diversity over time. Also, to visualize spatial proximities by species, a non-metric MDS ordination was conducted, generating a stress value of 0.179. A one way-ANOSIM showed significant differences between T. terniflora and T. coronopifolia (R = 0.78, p <0.05), and between T. remotiflora and T. coronopifolia (R = 0.791, p <0.05). Sequencing of some DGGE profiles bands showed that Pseudomonas was present at 3, 30 and 60 days in all species of Tagetes, while Chloroflexus and Delftia were present at 3 and 60 days in T. remotiflora and T. coronopifolia, respectively. The study demonstrated that the beneficial populations were positively selected and sample time and species affect the dynamic succession in the rhizobacteria communities.

Identificación de rizobacterias aisladas de Tagetes coronopifolia y Tagetes terniflora (Cempasúchitl) y evaluación de su capacidad inhibitoria in vitro de microorganismos fitopatógenos

“…(2017) analizaron mediante técnicas de electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE) los perfiles moleculares de las comunidades bacterianas rizosféricas de Tagetes terniflora, T. remotiflora y T. coronopifolia a los 3, 30, 60 y 90 días, utilizando muestras de suelo rizosférico en condiciones de invernadero. Los resultados de los índices de diversidad (Shannon´s index) indicaron una disminución de la diversidad bacteriana conforme se incrementaba el tiempo, mientras que, respecto a la especie de la planta, la mayor diversidad se observó en T. terniflora (López-López et al, 2017). En general, varios trabajos de investigación, relacionados con el estudio de la estructura poblacional microbiana rizosférica, indican que la raíces de las plantas mantienen una interacción directa con las comunidades microbianas, es decir, la secreción de exudados rizosféricos o rizodepósitos, los cuales contienen iones solubles en agua, compuestos de bajo peso molecular como azúcares, aminoácidos, flavonoides, proteínas, ácidos grasos, antimicrobianos, nematicidas y otros metabolitos secundarios, así como compuestos de alto peso molecular, que incluyen carbohidratos, proteínas, lípidos, mucílagos insolubles y restos de células lisadas o muertas influyen directa y específicamente en la estructura y función de estas comunidades microbianas (Doornbos et al, 2012;Haldar y Sengupta, 2015).…”