Résumé -La co-conception de systèmes agricoles innovants est une piste prometteuse pour répondre au défi de l'innovation, notamment pour les exploitations agricoles familiales africaines confrontées à de multiples changements. Mais il faut penser à la place et aux rôles tenus par de multiples acteurs (agriculteurs, conseillers, chercheurs) pour produire les changements souhaités par toutes les parties, et donc réfléchir à la question du partenariat dans le processus. Cet article présente la démarche de conception en partenariat de systèmes agricoles innovants (CPSAI) élaborée entre 2005 et 2015 dans l'ouest du Burkina Faso, notamment sur la gestion de la fumure organique des cultures. La CPSAI s'appuie sur un dispositif partenarial formalisé et sur une démarche progressive en trois phases itératives : (1) Abstract -Participatory design of innovative farming systems. Co-design of innovative agricultural systems is a promising way to meet the challenge of innovation, particularly for African family farms facing multiple changes. But we must think of the place and role of multiple stakeholders (farmers, advisors, researchers) to produce the desired change by all parties, so consider the issue of partnership in the process. This paper presents the process for the design of innovative farming systems (PDIFS) developed between 2005 and 2015 in western Burkina Faso, including the management of manure. PDIFS uses a formalized partnership system and a progressive approach in three iterative phases: (1) exploration and formalization of partnership; (2) co-designs and testing options for change; (3) review and disengagement. The results show that innovation is more effective and sustainable when it is the product of a collective and partnership work.