Os primeiros estudos microarqueobot ânicos, ainda que não fossem conhecidos por esse nome, remontam ao início do século XX. No entanto, a análise de fitólitos e grãos de amido recuperados de contextos arqueológicos no Brasil só começou a tomar forma há pouco mais de uma década, e ainda são poucos os grupos de pesquisa que estudam esses microvestígios no país. O Museu Nacional/UFRJ congrega um dos grupos pioneiros na área. Neste artigo é apresentado um breve histórico da disciplina no país e um pouco da trajetória dessa linha de pesquisa no Museu Nacional, incluindo os resultados preliminares de dois projetos recentes.