Kepulauan Spermonde, Makassar Sulawesi Selatan terdiri dari ratusan pulau kecil dengan karakteristik yang bervariasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis hubungan antara kondisi lingkungan dan aktivitas manusia di pulau dengan kualitas ekosistem perairan pantai berdasarkan parameter fisika-kimia air serta keragaman biodiversitas khususnya Makroalga dan Echinodermata. Penelitian ex post facto ini dilakukan di Pulau Barrangcaddi, Badi, Barang Lompo, Bonebatang dan Pulau Kodingarengkeke. Pemantauan kondisi lingkungan menggunakan indeks Naturalness sedangkan aktivitas manusia menggunakan indeks Hemeroby. Pengambilan sampel air, Makroalga, dan Echinodermata di setiap pulau dilakukan di dua hingga tiga stasiun dengan membuat tiga (3) transek sabuk. Hasil analisis pemodelan persamaan struktural menggunakan WarpPLS (Partial Least Square) menunjukkan bahwa aktivitas manusia yang ada di Kepulauan Spermonde telah berdampak pada pencemaran bahan organik dengan kadar Biochemical Oxygen Demand (BOD) berkisar 25,39-29,81 mg/L. Pencemaran ini selanjutnya telah memicu terjadinya eutrofikasi perairan tercermin dari kadar nitrat yang telah melebihi baku mutu untuk biota perairan (0,05-0,168 mg/L). Eutrofikasi yang terjadi telah meningkatkan diversitas Makroalga dan selanjutnya menurunkan diversitas Echinodermata. Nilai indeks diversitas Makroalga perairan pantai di sekitar lima pulau yang diamati termasuk dalam kategori rendah sampai sedang (1,17-2,42). Nilai indeks diversitas Echinodermata termasuk kategori rendah (0,36-0,88). Parameter kualitas air lain terutama pH, suhu, salinitas, kekeruhan, total fosfat (TP), H2S, minyak dan lemak, dan timbal (Pb) telah memenuhi standar kualitas air untuk kebutuhan biota perairan berdasarkan Keputusan Menteri Lingkungan Hidup Indonesia No. 51/2004.